综上，正确理解和适用诉讼时效制度，必须明确这样的基本指导思想：应在保护社会公共利益的基础上注重社会公共利益与当事人利益以及当事人之间利益的衡量。正因为此，立法在进行诉讼时效制度的设计时，注重对权利人与义务人之间的利益进行衡量。如：其虽规定诉讼时效期间届满、权利人的权利不受法院保护，对权利人的权利进行了限制，但同时规定了诉讼时效中断、中止、不完成[12]等诉讼时效障碍制度以保护权利人的权利。其立法理由为：由于上述事由的出现，使权利人怠于行使权利、诉讼时效期间应继续计算的基础丧失，因此有必要规定上述诉讼时效障碍制度以阻却诉讼时效期间的进行。在司法解释的起草过程中，我们注重坚持利益衡量原则，为避免对诉讼时效制度不当扩大适用，司法解释对诉讼时效的适用范围进行了限缩，对诉讼时效抗辩权的行使阶段进行了限定、对诉讼时效障碍事由的认定进行了合法的扩张解释。应当说，尽管诉讼时效制度为世界各国民法所规定的一项基本制度，但在具体制度的设计和适用上，仍然应注意国别性，要立足于本国的社会发展阶段和法律文化传统。在我国，私权意识尚未完全树立，诚信信用原则仍是被奉为社会交易的圭臬，在民法领域也被奉为帝王原则。而且，我国关于诉讼时效期间的规定相对较短，对权利人的权利保护不利。因此，相对于权利的限制而言，权利意识的培养、权利的保护、诚实信用原则的维护应居于基础地位。因此，在司法适用中，在不违背法律和基本法理的前提下，如果存在既可做有利于权利人的理解也可做有利于义务人的理解的情形下，应做有利于权利人的理解。
二、概念厘定及种类分析：诉讼时效客体的界定
诉讼时效客体，是指适用诉讼时效的权利范围。诉讼时效客体是司法实务急需规定但长期以来聚讼颇多的问题。我国《民法通则》第一百三十五条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。”该条将诉讼时效的客体明定为民事权利，但民事权利种类众多，并非所有民事权利均适用诉讼时效的规定，因此需要司法解释对民法通则的规定进行限缩解释。司法解释采纳了理论界通说，规定债权请求权适用诉讼时效的规定。理由为：债权请求权以财产利益为内容，不具支配性。若权利人长期怠于行使权利，会使法律关系处于不确定状态，不利于维护社会交易秩序稳定。
但司法解释同时规定，下列债权请求权不适用诉讼时效的规定：
第一，支付存款本息请求权。支付存款本息请求权的实现关系到公众的生存利益，如果该请求权适用诉讼时效的规定，在一定期间经过后不受法院保护，则将危害到民众的生存权，故该请求权不应适用诉讼时效的规定。
第二，兑付国债、金融债券以及向不特定对象发行的企业债券本息请求权。依发行主体的不同，债券分为国债、金融债券和企业债券。国债、金融债券因有国家和金融机构的信誉作为还本付息的担保，认购人基于对上述发行人的信赖而购买债券，上述投资具有类似于储蓄的性质，关涉社会公众利益，故基于国债、金融债券产生的返本付息请求权不适用诉讼时效的规定。向不特定对象发行的企业债券发行应采取承销的方式。对于该类企业债券的认购人而言，其基于对金融机构的信赖而购买债券，购买该债券也具有类似于储蓄的性质，而且，兑付该类债券本息请求权涉及到广大认购人的利益保护问题，关涉社会公益，因此，兑付该企业债券本息请求权也不应适用诉讼时效期间的规定。
第三，基于投资关系产生的缴付出资请求权不适用诉讼时效的规定。足额出资是股东对公司的法定义务，该义务不应因诉讼时效届满，义务人提出诉讼时效抗辩而丧失受法院保护的效力，否则，有违公司资本充足原则。此外，公司资产系其对外承担民事责任的一般担保，故如果规定缴付出资请求权适用诉讼时效的规定，则不利于公司的发展，也不利于对其他足额出资的股东及公司债权人的保护。
在司法适用中应予注意的是，在实体法上，存在着虽依通常称谓称为请求权，但实质为形成权的实体权利，“权利中有定为请求权而实为形成权者，例如无效确认请求权、买受人减少价金请求、定做人对于承揽人减少报酬请求权、共有物分割请求权、出典人的回赎权、离婚请求权，”[13]上述权利由于并非为实体法上的请求权，故不应适用诉讼时效的规定。
由于产生请求权的基础权利不同，实体法上的请求权的种类也不同，分为债权请求权、物权请求权、人身权请求权、知识产权请求权等等。因各请求权的性质不同，其是否为诉讼时效的客体也不同。在起草过程中，关于债权请求权之外的请求权是否适用诉讼时效的规定存在争议。
关于物权请求权是否适用诉讼时效问题，倾向观点认为，确认物权、排除妨碍、消除危险请求权不适用诉讼时效的规定。但关于返还原物请求权是否适用诉讼时效的规定存在争议，主要有三种观点：第一种观点认为，不应适用诉讼时效的规定。理由在于：物权为支配权，不适用诉讼时效的规定，作为物权保护手段的返还原物请求权，也不应当适用诉讼时效的规定。我国法律尚未规定取得时效制度，如规定其适用诉讼时效制度，将会出现物权请求权因时效届满而不受保护、物权成为空洞权利的问题。第二种观点认为，返还登记的不动产、动产请求权不适用诉讼时效的规定。理由在于：登记具有公示力和公信力，故返还登记的不动产、动产请求权不应适用诉讼时效的规定，返还未登记的不动产、动产应请求权适用诉讼时效的规定。第三种观点认为，返还登记的不动产请求权不适用诉讼时效的规定。理由在于：依据物权法规定，登记为不动产转移的公示要件而非动产转移的公示要件，故只有返还登记的不动产请求权不应适用诉讼时效的规定。
关于基于人格权被侵害产生的停止侵害、恢复名誉、赔礼道歉、消除影响等人格权请求权是否适用诉讼时效的规定。多数观点认为，不应适用诉讼时效的规定，理由为：上述请求权系在人格权受到侵害后为回复人格权圆满状态而产生的人格权请求权。上述人格权请求权系保护人格权回复圆满状态的必要的手段性权利，如果人民法院因诉讼时效期间届满对上述请求权不予保护，则有损人格权，有损人的民事主体资格和生存发展。少数观点认为，如果不适用诉讼时效的规定，则在相当长时间后在主张上述权利已没有实际意义，故基于督促权利人行使权利的目的，上述请求权应适用诉讼时效的规定。
关于基于身份权被侵害产生的给付赡养费、抚养费、扶养费及停止侵害、消除影响、赔礼道歉请求权是否适用诉讼时效的规定，主要有两种争议观点。多数观点认为，不应适用诉讼时效的规定，理由为：身份权请求权中的停止侵害、消除影响、赔礼道歉等非财产利益请求权系基于支配权而产生，与支配权共存，若适用诉讼时效的规定，有违伦理道德。给付赡养费、抚养费、扶养费身份权请求权尽管带有浓重的财产内容，但其涉及公序良俗，对于被抚养人、被扶养人及被赡养人的生活至关重要，故不应适用诉讼时效的规定。当然，给付赡养费、抚养费、扶养费身份权请求权不适用诉讼时效的规定应具备一定的条件，即符合请求给付上述费用的条件。
