关于这一问题的深层原因，笔者认为有以下几点：
其一，源于我国现实社会法治的特殊性。
我国法治的特殊性在于，虽然我国已经明确向法治社会迈进，并将法治作为我国的治国方略，但人们对法治社会的理解还存在相当大的差异。就现实来看，我国更符合实质法治社会[9]的特征。实质法治的重要特征是，第一，在这样的法治中，虽然也是在一定程度上或常态上依照法律治理社会、管理国家，但法律本身还不是一个自足的系统，需要特定政治、经济、道德、宗教等价值的指导；第二，为体现个别公正，法律的一般性与普遍性常常被打破；第三，司法者可以依据法律之上的价值，如经济或政治等，作出变通的裁决；第四，不满足于程序公正，致力于追求实际结果的公正，或者说将追求实际结果的公正置于优越的地位。[10]
在实质法治社会的模式和框架之中，司法也必然是以实现实体正义为价值追求。这里的实体正义不是以实体法的指示为标准，而是国家治理者和管理者所追求的价值效果。按照美国学者昂格尔的观点，法律规范中所指示的正义属于法律正义，与实体正义相对。法律正义属于一种规定性的规则，而实体正义属于工具性规则。[11]昂格尔指出：“在实体正义中，每一个裁决之所以被证成，是因为它被设计为一种推进某种被接受的目标的最好的选择。在一个特定的裁决与目标之间的关系就是方法与目的之间的关系。”[12]在我国，实体正义就是国家管理者所要实现的价值目标。在这样的观念指导下，司法必然会在实体正义与法律、法规以及程序相冲突时选择实体正义，而不是循规蹈矩。目前法院在司法中对社会效果的强调和对法律效果的轻视就是这种实体正义观念和价值追求的反映。例如，在含有三聚氰胺的奶粉所引发的纠纷中，法院之所以要等待，就是期望能够在实体上使这些纠纷的处理更符合政府管理者所认可的社会效果，即使民事诉讼法有关于受理起诉的法定期限规定，也可以不予适用而将案件置于“冻结”之中。从这种角度就比较容易理解，为什么在司法政策上我国更强调诉讼中的调解。在政策制定者看来，与直接适用法律、法规相比，调解解决纠纷更有利于实现实体正义。在这种情形下，正像昂格尔指出的那样，实体正义使立法与裁判之间不存在任何界限，比起规定性规则——法律而言，这里只有关于什么”应该实现的选择以及任何完成选择的工具理性的判断。在实体正义的情形下，协议是否应予履行取决于对协议的强制执行对已经设定的目标是有益还是有害。[13]在实体正义之下的法律同样如此。
在这样的法治类型中，法律本身不是目的，而是手段。以民事诉讼中代表人诉讼制度为例，尽管民事诉讼法规定了有效率解决多数人或群体性纠纷的代表人诉讼机制，但为了维护社会的稳定、避免酿成群体性事件，不仅在某些诉讼类型中（如上市公司虚假信息披露导致的侵权诉讼）明确限制代表性诉讼的适用，在其他诉讼中也尽量予以限制。可以看出，在司法机关法律适用方面，政治性、社会性的价值要求依然是首要的，司法政策的调控必须服从于特定政治、经济以及长期社会情势的需要，满足这种需要就是一种法治社会实体正义的要求。
其二，源于特定权力架构下司法制度与司法能力的有限性。
我国现实法治社会的上述特征也决定了我国司法的特殊地位。从政治权力配置而言，更明确地讲，就是我国特殊的权力架构决定了我国司法的特性，决定了司法机关必须服从于这种社会特质和其他权力的要求。对某些涉及社会、政治、经济等有影响力案件，司法权必须服从于其他权力的调控而不能独立进行裁判，即司法没有最终解决问题的能力。虽然在一般情况下，司法机关可以按照法律、法规的要求进行裁判，但它无法对所有法律上的争议作出最终裁决。现行的权力架构体制决定了司法机关—法院只能从属于最高权力机关。在目前我国所处的转型初期，法院不可能完全独立，司法不可能独立，法官也不可能独立，其根本原因也在于此。体制的现实决定了法院只能处于从属地位，也决定了中国的司法机关并非单纯的“司法”，还需要“司政策”。尽管在一些人的理想和观念中，司法应当具有最终裁决的能力，甚至可以具有实体上的创制能力和作为，并具有一种更为广泛的权力制约作用，但由于我国还不是自治型法治国家，这样的想法是极其乌托邦式的，司法实践中的一些尝试最终也以失败告终。显然，不能简单地将我国现实中的法院与西方法治国家的司法机关相对应，也不能简单地将我国的法官与西方法治国家的法官相等同。在社会转型初期，人民法院还只能部分扮演行政机关那样的角色，实际上是一个配合各级政府处理纠纷解决的行政化的机关，所以在体制上必然具有行政化的色彩。相对于自治型法治社会国家的司法机关而言，我国司法机关在现实社会舞台上的角色实际上是一种“旦角”的扮相。下级法院在一些敏感的事件上必须请示上级法院，需要等待上级法院的指示，如同行政机关上下级之间的关系一样，于是就有了下级法院向上级法院的“请示”制度。法院的这种行政化体制可以说与原有的政治体制本质上具有一致性。因而在转型的过程中，也必然发生走向新型或现代法治和维系传统法治之间的矛盾紧张，越是接近新型或现代法治，这样的紧张就越加突出。法官也是如此，在转型前和转型的初期阶段，法官也只能是解决纠纷的行政性工作人员（这一点从国家公务法中也可以看得很清楚）。在这一时期，法官实际上都不可能摆脱这样的角色安排，在涉及政府权力的运作时，既不需要也难以作出独立的司法判断。
