(二)针对重要行政资源探索“三分”机制
目前，许多地方政府实现了集中审批和集中执法，为建立决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的运行机制打下了基础。但是，审批不是政府的重要决策，执法不是政府的重要执行，这两者主要是按法律法规和有关规定办事。除审批权与执法权外，部门的行政资源还包括项目与财政分配资源、规则制定资源、人力资源等。如，交通部门的审批、执法不是重要的决策、执行，重要的是建设项目的决策、执行和监督。自己分配资金、自己建设、自己监理、自己经营，这样一种“四位一体”建设经营模式带来的问题已经有目共睹。所以，要特别在项目与财政等行政资源分配领域实现决策权、执行权、监督权的相互制约与相互协调。这方面，2008年财政部与国家税务总局的“三定规定”在健全税政管理决策、执行、监督既相互制约又相互协调的运行机制方面迈出了重要步伐。
(三)与政府工作流程优化相结合
政府职能通过政府工作流程来具体实现。因此，机构调整是政府职能转变的最直接路径，而工作流程优化是最可持续的转变政府职能路径，大部门制探索应与政府流程优化结合。工作流程的核心是确定行动方案；行动方案的核心是关键任务、先后顺序；关键任务的执行情况要跟进、跟踪；发现问题要及时修正。
优化政府工作流程应坚持的三原则是：以客户为中心，不是以职能部门为中心；组织结构扁平化；掌控工作执行情况的手段自动化。实践中可采取两种方式持续优化政府流程：一种是水平优化。将分散在不同部门的相关工作，通过整合或压缩，形成一个完整工作；或将分散的资源相对集中，由一个组织负责运作，从而可以为服务对象提供一个单一接触点。如一些地方政府将串联审批改造为并联审批，大大提高了工作效能。另一种是垂直优化。按决策与执行相对分离、管理与执法相分离的要求，相对区分决策层与执行层，以达到决策者监督执行者的目的。如可参照卫生部与国家食品药品监督管理局之间的职责配置与工作流程。有条件的地方政府，可以在适当设立专门从事行政执行的法定机构，这些法定机构可以由政府直接领导，也可以由工作部门归口领导。
总之，20世纪90年代以来，已经实行大部门体制的国家采取了一个共同的做法：即通过政府流程水平再造，建立协同政府，争取以最低的成本为公民提供最好的公共服务。这既是改进政府自身管理的需要，又是借鉴企业“供应链”成功管理经验的结果。
