（三）行政处理与司法保护协调问题
商标法与专利法、著作权法等知识产权专门法一样，在商标权的保护方面实行行政处理与司法保护的“两条途径、协调处理”机制。作为中国特色，我国对知识产权的司法、行政保护双轨制，作用巨大。
多年的实践表明，对权利人来说，行政保护较之司法保护，方便而成本低、快捷而有力，因此，就权利人选择而言，其大多倾向于行政保护。据统计，现实中商标权的行政保护是司法保护的数倍，部分地区以至于十倍。可以说，商标权的行政保护发挥了其应有作用。但由于无相应的程序规定，任何人都可以随意启动行政保护，而工商行政执法因缺乏诸如立案、调查、取证、查封、鉴定等应有的规范，这为恶意举报、打压竞争对手等提供了便利；也常常使工商行政执法部门陷入被动的局面。这导致行政保护程序被滥用，恶意举报等屡见不鲜。在某种意义上，行政保护的过度利用不仅不利于真正权利人的权利保护，反而有损合法经营者与真正权利人利益。
而另一方面，根据商标法的规定和知识产权司法保护原理，在进行行政处罚后，权利人仍然能够通过提起民事赔偿诉讼的形式要求保护自己的商标权。原因在于，民事责任和行政责任并行不悖。在上述情况下，被侵权人仍然有权提起民事赔偿要求，包括民事赔偿诉讼。因为民事赔偿责任产生的前提是受害人受到侵害并造成损失，而不是是否给予了其他法律制裁。现实中存在的问题则是，民事赔偿因为处罚在先而不能得到保障的现象并非少见。
从上述分析可见，颇具中国特色的司法、行政保护双轨制的现状凸显了其两难困境。一方面，行政保护被滥用，恶意举报而损害竞争对手及合法经营者的利益；另一方面，行政保护的过度介入而使民事司法保护处于无法实现之境地。因此，合理界定行政保护尤为必要。
其中，最重要的是增加案件投诉要件规定，以对滥用行政保护行为有所约束。可规定向工商行政管理部门投诉或者举报的，应当写明涉嫌侵权人名称、地址和涉嫌侵权事实，并附相关证据材料（涉嫌侵权实物或者照片）。特别应明确请求工商行政管理部门处理的，应当附送的材料要求：（1）商标权利证明；（2）具体请求事项；（3）嫌侵犯商标权人名称、地址；（4）涉嫌侵犯商标权行为证据和其他相关证据材料。增加投诉要件规定的主要如下：
第一，商标纠纷主要是民事纠纷，民事优先，工商行政执法部门不宜介入太深，否则易为他人恶意利用公权力，浪费有限的执法资源。所以，应从民事权益角度出发，突出利害关系人的自我保护意识和打击侵权的主观能动性。
第二，因侵权案件立案过于简单，导致无效投诉、恶意举报时有发生，使执法机关为一个电话、一封举报信疲于奔命，浪费执法资源，执法效益较低。
第三，一些商标当事人特别是外商利用中国政府保护知识产权的决心，不遵守我国法律相关程序规定，不履行作为权利人的应尽义务，甚至提出无理要求。上述规定将有助于我国在实现国际义务的同时，更好地维护自身利益。
除完善启动行政保护程序应提供的书件与证据材料的规定外，其次，行政保护涉及查封当事人财产的应建立财产保全与行为保全制度。现行商标法仅仅规定人民法院可以要求当事人提供担保，进行行为保全与财产保全，而对行政执法并没规定。因此，可规定，工商行政执法中，当事人要求查封对方当事人货物的，应要求相关当事人提供担保，以避免对方当事人损失，也防止执法机关陷于被动。
此外，在商标权行政保护中也应完善鉴定制度，特别是鉴定主体及其法律责任与权利人出具的证据效力问题。商标注册人或者其委托鉴定人、商标许可使用人，可以对假冒注册商标进行鉴定；出具鉴定结论的机构或者个人，应当对其鉴定结论承担相应法律责任；同一案件多种鉴定结论不一致的，应当采信商标注册人或者其许可使用人提供的合法鉴定结论。
明确商标侵权行为的鉴定机构以及权利人出具的证据效力问题对行政执法非常重要。专利、版权都指定了鉴定机构。但因商标侵权鉴定有其特殊性，不能完全比照专利法与著作权法的做法，而应以权利人鉴定为准。同时，我们认为，对当事人提交证据及合法证明材料应设定失权制度，以督促权利人维护权利，也有利于及时、有效定分止争。可规定为：“对涉案当事人或商标权人提供合法证明材料应确定一定期限，超期限未提供证据或证据无效的，工商机关不予立案。”有观点认为，证据提交设定期限的证据失权制度属于为办案细节，可由条例规定，而不应规定在商标法中。这种观点值得商榷。因为证据的提交及其效力涉及到鉴定与商标权行政保护的正常启动与有效运行的关键。因此，应在商标法中予以明确规定为宜。
（四）有关诉讼程序的完善
1.诉讼模式改革
在商标评审委员会作出裁决的案件中，根据Trips协议的精神，需要为当事人提供司法复审的机会。依现行商标法之规定，在有关的诉讼案件中，商标评审委员是以被告的面孔出现的，诉讼的性质是行政诉讼。在现行模式下，商标评审委员将面对越来越多的行政诉讼案件，从而疲于应付。
如果按照前述修改思路，异议由商标评审委员直接受理，商标评审委员的工作量无疑会大大增多。改革诉讼模式，使商标评审委员从诉讼中解脱，有利于其集中精力审理有关案件和处理商标事务。
理论上，不服异议裁定与不服宣告注册商标无效裁定涉及系民事争议与行政争议交叉案件，且本质乃为根本上解决民事纠纷与争议；而不服商标评审委员会驳回复审裁定的案件，则仅仅就驳回这一具体行政行为的合法性的争议，本质上仅仅存在行政争议而无直接民事纠纷。这对裁定涉及法律关系的厘清，有利于诉讼客体的类型化，进而完善其诉讼程序。
基于以上分析，笔者建议区分不同情形，将不服商标评审委员会裁定的诉讼关系分为有双方当事人的案件（如不服异议裁定、宣告注册商标无效裁定）与仅有一方当事人的案件（如不服商标评审委员会驳回复审决定），分别适用民事诉讼程序与行政诉讼程序。
因为当事人不服宣告商标注册无效裁定，向人民法院起诉的，以评审裁定的对方当事人为诉讼的对方当事人，根据无效的民事纠纷属性，商标评审委员会的性质为居中裁决的准司法机构，适用民事诉讼程序办理，而不再以商标评审委员会为被告，适用行政诉讼程序。
2.诉前禁令保护问题
现行商标法第57条规定了诉前禁令保护问题，但规定非常简单。事实上，诉前禁令尽管对商标权的保护具有立竿见影的效果，但易对被指控侵权人利益千万极大影响。一旦商标侵权指控最终不成立，那么有可能使被指控侵权的被告合法权益造成极大的难以弥补的损失。为此，也需要对该程序的适用给予严格限制，防止诉前禁令被滥用。
从立法修改角度看，应明确适用的条件，并进一步限定；同时可以有选择性地吸收最高人民法院《关于诉前停止侵犯注册商标专用权和保全证据适用法律问题的解释》有关规定（如第5条等），但应明确要求实施诉前禁令而提供担保的计算方法或标准（目前通说认为行为保全申请人所提供的担保以其主债权为限，因此，在恶意保全情形下，如果以较低的侵权请求但申请禁令则可能给被指控者合法权益带来极大损害），以保证一旦存在禁令申请错误、有瑕疵或恶意申请禁令，则可以提供的担保在一定程度上弥补被指控侵权方的合法权益。
