与此同时不应忘记公民在适用法律上一律平等原则还应具有的另一重要内涵：那就是反对歧视。就如同一枚硬币必须有正反两面一样，适用法律一律平等要达到公平、公正的效果，其内在地应当包括既反对特权，又反对歧视两个方面。所谓歧视，就是对人进行“不平等地区别对待”。凡是对他人肯定或否定的心理态度在客观上是错误的，基于这一错误判断和态度的“区别对待”必定是不公平的。与封建特权一样，我国几千年来封建社会法律的另一主要特点就是封建式歧视。从法律的角度将人分成各种等级，维护特权阶级利益，歧视所谓的贱民阶层。从公元前11世纪西周法律开始直至公元17世纪清朝法律无不将歧视贯彻到底，歧视贫穷百姓，尤其是歧视犯罪嫌疑人的心理态度至今严重影响着司法人员的思想与行为。
以仅有的少量证据去推断犯罪嫌疑人犯有更多罪行，继而软硬兼施地要求被告人承认的工作方法，已为人们耳熟能详、司空见惯。这种工作方法可能基于以下几种考虑：(1)“既然己有证据证明该犯罪嫌疑人犯有某项罪名，那么其他同项犯罪肯定是该人实施的”；（2）“由于此项犯罪与其他犯罪具有不少具体联系，因此其他犯罪实际上、甚至肯定也是该人犯的”；(3)“此项犯罪肯定是该人犯的，现在问题主要是收集证据加以证实”。这种思考方式的致命弱点就是：将个人偶然的主观理解和案件的客观真实性混淆起来。要有效排除这种纯粹主观或偶然任意的刑事证明方法必须从理论上阐明，没有确凿、充分证据为依据就匆忙下结论的思考方式与工作方法都是错误的，是对犯罪嫌疑人的歧视。尽管有些犯罪分子为了逃避打击，往往否认犯罪事实，隐匿、毁灭证据，针对这种情况，正确的方法应该是综合运用多种侦察手段，特别是尽可能采取一些先进的技术手段和新的技术装备，收集确凿、充分的证据，使犯罪事实得到全面证实，而不能“证据从被告人嘴里掏”。当今刑事司法实践中出现的诸多违法问题，诸如刑讯逼供、体罚或者变相体罚、超期羁押、违法调查、违法取证、剥夺被告人辩护权、刁难辩护律师等问题之所以层出不穷，久久不能解决，追究原因，其中固然有重实体、轻程序的程序虚无主义的错误思想在作祟，但真正说来其根源无不出自于对犯罪嫌疑人的歧视。司法上的这类歧视根深蒂固，就像幽灵一样以各种方式冒出来，已经造成严重不良社会后果，与以人为本的科学发展观是格格不入的。多年来，现代刑事诉讼法学通过对等级观念的批判，终于开辟了一条理解刑事诉讼必须平等与民主的正确之路。但要真正克服司法实践中对犯罪嫌疑人的歧视，击穿并瓦解这种错误意识，还必须下很大的功夫，即使理论上得到阐明，离实际问题的解决还存在着遥远的距离。正如马克思所说的：“要真正地、实际地从人们的意识中排除某些错误观念，只有靠改变了的环境而不是靠理论上的演绎来实现。”[4]看来，要在刑事司法实践中真正贯彻执行公民在适用法律上一律平等原则，既反对特权，又反对歧视，的确任重而道远。
