第四，未规定特殊主体的免予扣押权。在我国刑事诉讼中，只要是与犯罪活动有关的任何物品和文件，不问该物品的性质以及由谁保管等，都必须予以扣押，而没有规定特殊主体基于职务秘密或亲属利害关系而享有拒绝扣押的权利。这与国际通行的做法明显不同。比如，德国刑事诉讼法明确规定了三类物品不得扣押：(1)官方文书，主要指相关档案、其他由官方保管的文书；(2)被指控人与允许拒绝作证的亲属和因职业原因允许拒绝作证的神职人员、辩护人、律师、专利代理人、财会师、宣过誓的查账员、税务顾问和税务全权代表、医生、牙科医生、药剂师、助产士等人员之间的书面通讯；(3)因职业原因允许拒绝作证的神职人员等人员对被指控人向他们信赖告知的事项所作的记录，或者他们对此有权拒绝作证的其他事项所作的记录等。[7]未规定免予扣押权不利于对公共利益和特殊职业信赖关系的保护，容易出现因滥用扣押权而损害社会公信力的现象。
第五，扣押财物的保管和处理机制失控问题急待解决。比如扣押物的保管不善。实践中关于扣押物保管的权属划分存在着不合理之处。关于扣押物保管权力的归属问题，我国《刑事诉讼法》并未作出明确规定。《规定》明确了实行扣押、冻结与保管款物相分离的原则，账实必须相符，但该司法解释仅规范检察院办案工作；公安系统并无相关规范，在公安系统的基层办案中，都由承办人扣押，承办人保管。承办案件的刑警中队或经侦中队等单位没有具体台账，公安局亦没有账目，造成承办人手中究竟有多少扣押财物无法知晓。管理中的失控，造成承办人丢失或挪用赃款财物的现象屡屡发生。另外，实践中扣押物的保管流向不明确。我国现阶段公安机关实行治安和刑事合一的机构设置，公安机关各部门一般均享有一定的扣押权限，但对扣押物(尤其是现金和财物)却没有一个归口管理部门。立法中没有明确规定不同诉讼阶段负有保管责任的主体，从而导致司法实践中随意使用扣押物或者疏于保管而致使扣押物毁损、灭失的，也就无法追究有关主体的保管责任。另一方面，缺乏对扣押物保管的流程化管理。法律没有明确规定在不同的诉讼阶段如何实现扣押物的顺利交接，从而导致实践中应当随案移送的扣押物不随案移送、或者挪作他用、或者先行返还等违法现象一定程度上存在。保管程序透明度不够，利害关系人也难以了解被扣押物品的具体处理过程，难以对保管机关的行为形成有效的监督，导致具体实践中权力滥用现象一定程度存在，造成扣押物品毁损、灭失的后果，给当事人带来不同程度的财产损失。同时，作为证据的扣押物品的灭失，也影响了刑事诉讼的顺利进行。
第六，扣押物的返还仅在《刑事诉讼法》第118条规定，对于扣押的物品、文件、邮件、电报或者冻结的存款、汇款，经查明确实与案件无关的，应当在3日以内解除扣押、冻结，退还原主或者邮电机关。但一方面，“是否与案件无关”一般由侦查机关来判断导致实践中缺乏规范做法；另一方面，法律也没有对与案件有关的物品如何返还作出规定，实践中侦控机关对扣押物(尤其是赃款赃物)非法私用的情况非常突出，有些地方甚至在法院终审判决被追诉人无罪的情况下，仍然以赃款赃物为名继续扣留当事人财物而拒绝返还。《刑事诉讼法》对终审判决裁定扣押物应当予以返还后，被扣押人或权利人所在不明、或因其他事故不能返还的情形，缺乏合理的应对程序。《公安机关办理刑事案件程序规定》第219条规定，通知被害人后，超过半年未来领取的，予以没收，上缴国库。如有特定情况，可以酌情延期处理。凡是已经送交财政部门处理的赃款赃物，如果失主前来认领，并经查证属实，由原没收机关从财政部门提回，予以返还。如原物已经卖掉，应当退还价款。但该规定仅针对被害人，对其他相关权利人并无涉及，如何通知这些权利人的程序方式也没有涉及。这也造成了实践中侦控机关不经过任何程序就直接上缴而不予返还的恶劣现象。甚至在实践中存在终审判决还未作出，侦控机关已经将扣押物予以没收并上缴国库，致使权利人最终难以取回被扣押的物件的情况。再有，依据相关法律依据，对公安机关暂扣的现金、物品，一经查实应及时退还，直接退还回举报方。但实践当中所遇到的困境是，举报方并不一定就是权利所有方，此时一旦退还给举报方必然损伤财物所有者的权利。
