在农村土地承包经营权在转让与互换时，存在的问题是何时发生土地承包经营权变动的效力。《物权法》第 129 条规定： “土地承包经营权人将土地承包经营权互换、转让，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请土地承包经营权登记； 未经登记的不得对抗第三人。”从该条的规定来看，农村土地承包经营权的转让与互换不需要经过登记就可以实现，即农村土地承包经营权转让与互换合同发生效力则农村土地承包经营权变动，在土地承包经营权的变动中土地承包经营权的登记仅仅是发生对抗效力的要件。
将登记作为农村土地承包经营权变动的对抗要件，优点是农村土地承包经营权的变动可以较为容易的实现，缺点是其会带来纠纷并危及交易安全。由于未经登记就可以产生土地承包经营权变动的效力，土地承包经营权人客观上可以将土地承包经营权多次转让，产生一个土地承包经营权多次转让问题。理论上，承包经营权人将承包经营权第一次转让后，就不再享有土地承包经营权，但是由于未经登记原承包经营权依然存在着权利的外观，其依然存在着再次转让原承包经营权的可能性。在原承包经营权人将土地承包经营权转让给数个权利人的情况下，谁才是真正的享有土地承包经营权，谁才是真正的权利人的问题就产生了。确立“未经登记的不得对抗第三人”的规则仅仅在有限范围内解决了这一问题，它明确了登记人享有的“土地承包经营权”具有最优的效力，从而在确立了一个判定谁是真正权利人的规则。但是这一模式在理论上存在着诸多的矛盾。在理论上转让土地承包经营权的行为是一个处分行为，权利人仅能进行一次该种行为，即原土地承包经营权人在将权利转让给第一个受让人时，他就应不再享有土地承包经营权，它将不能再次进行以下的土地承包经营权转让，即按照物权变动的基本法理，在仅依转让合同就可以实现土地承包经营权转让的情况下，第一受让人将取得承包经营权。转让合同产生转让效力的逻辑结果应当是仅仅第一个受让人才能取得承包经营权，其承包经营权的绝对性应当具有排斥一切干涉的效力。第一受让人的承包经营权具有排斥任何其他的承包经营权的效力，即它的承包经营权的存在将导致其他任何土地承包经营权的设定不能。但是，问题在于由于未经登记，原承包经营权人依然享有权利的外观，依然会有第三人与之签订转让协议而受让承包经营权。严格的讲，由于原承包经营权人已经将土地承包经营权转移，其第二次转让土地承包经营权的行为就成为了无权处分，不能再直接发生权利变动的效力。在现实的生活中，很多第三人都会信赖原承包经营权人的权利外观，而与之共同进行再次转让的行为。在这种情况下，由于第三人代表了交易的秩序，保护第三人的利益就具有合理性，“未经登记的不得对抗第三人”的规则正是在这种意义上提供了一个保护第三人的合理规则。“未经登记的不得对抗第三人”的规则一个形式前提是原承包经营权人的受让人都取得了“承包经营权”，只是效力上有所不同，登记的“承包经营权”的效力强于未经登记的“承包经营权”，其贯彻的结果也正是登记的权利人的权利排斥了其他权利人。显然，“未经登记的不得对抗第三人”的规则与其前提转让合同生效时权力转移的规则相矛盾。总之，《物权法》为土地承包营权转让所设定的转让合同生效时，承包经营权转让，未经登记的不得对抗第三人的规则存在着逻辑上的混乱与矛盾，既不利于物权与债权的真正区分，也不利于交易安全的真正实现。
《物权法》确立的土地承包经营权变动的这一规则着眼于农村土地承包经营权未普遍进行登记与农村土地承包经营权很少转让的现实，带有现实主义的气息。在当前中国农村依然保存着历史上形成的“差序格局”，依然是“熟人社会”情况下，这一规则还具有一定适应性。但是，现在农村人口流动的趋势已经出现，很多农民已经开始流入城市进行非农劳动，并试图在城市定居； 相对发达地区的农民也已经开始就近工业化，在当地转变为产业工人，土地承包经营权转让的需要已经出现。随着中国城市化与工业化的发展与农业人口向城市转移以及农村土地承包经营权转让的普遍化，这一模式不利于交易安全弊病必将会带来大量的农地转让纠纷，危及农地流转秩序的建立。
此外，互换与转让中展现出来的土地承包经营权变动模式偏离了《物权法》总则部分要求基于法律行为发生的不动产物权变动在登记时实现的物权形式主义立法模式。虽然这一模式是对历史经验的总结而且在土地登记机关在农村并未普遍建立的情况下，具有现实合理性。但是，由于农村土地承包经营权是中国农村中最重要的物权，它对《物权法》总则中的物权变动模式的偏离，会使农村土地物权变动模式呈现出总体上偏离《物权法》总则的危险。从各国( 地区) 立法的经验来看，各国( 地区) 不动产物权的变动模式一般都是统一的，德国、日本、韩国以及我国台湾地区的民法典均是如此。因此《物权法》应当在未来适当的时候修改农村土地承包经营权的设定与变动规则，应当在承认已经设定的农村土地承包经营权的基础上，逐步将其变更为农村土地承包经营权在登记时设立与变动的规则。在统一的不动产登记制度在农村普遍建立之后，需要逐步实现对农村土地承包经营权的普遍登记，对于历史上已经设定的农村土地承包经营权而未登记的土地承包经营权，需要限制其转让，建立起不登记不能转让的规则。对于通过招标、拍卖、公开协商等方式取得承包经营权，《农村土地承包法》第 49条确立一个近似的不取得承包经营权证不能流转的原则，该原则在实践中的贯彻也取得了较好的效果，未来的农村土地立法可以吸取这一经验（《农村土地承包法》第49 条规定： “通过招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地，经依法登记取得土地承包经营权证或者林权证等证书的，其土地承包经营权可以依法采取转让、出租、入股、抵押或者其他方式流转。”对此作反面解释，则为未取得土地承包经营权证或者林权证等证书的，不能流转。《农村土地承包法》第 49 条确立了一个通过其他方式取得农村土地承包经营权未获得权利证书不能变动，甚至是不能流转的原则。从实现来看，它在运作中取得了良好的效果。未来我国《物权法》的修改需要在建立完善的不动产登记制度的基础上，建立已经设立的农村土地承包经营权未经登记不得转让的规则。）。
