从上述检察业务作业流程可以看出，上级检察首长的内部指令权贯穿于案件的整个诉讼流程，得以在相当程度上影响甚至支配着案件的最终处理。也因此，若对上级检察首长的内部指令权完全不加限制，则必将导致上级检察首长藉内部指令权干预检察官的独立办案。台湾地区检察体制中历来最为人诟病之处，正在于检察一体与检察独立分际不明，以及由此带来的检察首长内部指令权的不当行使问题。检察一体原则设立之初衷固然可以有效节制不良检察官违法滥权。但是，一旦被滥用；许多敏感案件中，上级检察首长往往假借“检察一体”之名干涉个案、左右案件之侦办，而造成“检察多体”甚或“检察解体”。{15}
其实，台湾地区检察体系检察首长滥用内部指令权的问题由来已久。早在1958年台湾地区即爆发过检察首长滥用指令权的所谓“奉命不上诉”案。在该案中，台中地方法院检察官黄向坚侦办南投县长李国桢等人集体受贿案，该案在黄向坚检察官侦查终结后提起公诉，但法院判决的结果，除李国桢获判无罪外，其他人等均被判有罪。黄向坚检察官收到判决后，对于李国桢被判无罪这一点表示不服，于是拟依法提起上诉。但上诉书状在送到首席检察官{16}延宪谅处时，延竟扣住不发。黄检察官向延宪谅催询，但延再三向其表示上级长官希望该案不要上诉，高检处首席检察官夏惟上已多次关切该案，且明言是转达“司法行政部长”谷凤翔的意见。黄检察官见上诉期间即将届满，延仍不核定李案上诉，乃撰写声明上诉书，不经首席核可，即迳行送交法院。当黄检察官再以签呈连同上诉理由书呈阅时，延宪谅竟在原签呈上批示“奉令不上诉”后退回。但经黄检察官力争后，法院认定该上诉仍为有效。此事后来遭政论杂志批判，监察委员亦展开调查，而谷凤翔部长为撇清其并无下达命令来干涉李案上诉，遂将延移送惩戒，最后延宪谅受撤职处分。{17}
该案因为在台湾地区首次暴露了检察首长指令权不当行使的问题，而在此后台湾地区学者的学术研究中被一再提及。此后，这方面的事件被曝光的很少，但这并不意味着台湾地区司法实践中已不存在检察首长滥用指令权的问题了，而只能说明在当时实行威权统治的国民党加强了对检察体系的控制，而且控制很成功，使得类似的事件很难再为社会公众所知晓。
在台湾地区，检察首长不当行使内部指令权的问题真正为舆论和学界所普遍关注，还是20世纪80年代和90年代连续爆发“吴苏案”{18}、“萧天赞案”{19}以及“上上级事件”{20}之后。当时，随着台湾地区民主化进程的加剧，台湾地区新一代检察官开始争取司法独立的空间，因此，当国民党仍然试图通过以前的方式控制检察体系时，终引发反弹，经当时已经较为开放的媒体集中报道，涉及检察首长内部指令权不当行使的一系列弊案遂成为社会舆论的中心。
上述弊案的共同特征在于，检察首长以所谓“检察一体”及检察首长指令权、职务收取权、移转权为名，行干预检察官独立办案之实。由于类似弊案的频发，“检察一体”原则一度在台湾地区“污名化”，检察首长指令权、职务收取权及移转权几乎成为检察首长干预检察官独立办案的同名词，“导致有时检察长因畏惧流言，纵其下属检察官承办案件有不当情形，亦不愿行使其权利”{21}，进而导致检察体系上下信赖关系相当薄弱。
基于此，1998年台湾地区检察官改革运动的主要推动者—“检察官改革协会”推出了“检察一体阳光法草案”，并拟推动台湾“法院组织法”修正。该“草案”的主旨和重点是对检察一体原则暨检察首长内部指令权的行使进行制约和规范。该“草案”针对检察首长的指挥监督权、职务收取移转权以及案件指分权等，提出了“一揽子”解决方案，从而划定了检察首长内部指令权行使的范围和界限。虽然“检察一体阳光法草案”于1998年10月中旬在台湾地区“立法院”审议时未能通过，但“法务部”在此压力下，迅速于1998年11月20日颁布了“检察一体制度透明化实施方案”，部分采纳了“检察一体阳光法草案”所提出的观点。1999年“法务部”进一步发布“检察改革白皮书”，其第一章第三节即针对检察一体原则的制度化及透明化，提出如下改革方案：
其一，指挥监督透明化。“检察改革白皮书”提出应建立“书面指挥”制度。
其二，明定检察首长行使“职务承继权”及“职务移转权”的条件。检察首长行使“职务承继权”及“职务移转权”，因直接剥夺了检察官对案件的侦办权，涉及案件的分办及司法正义的实现，只能在一定条件下审慎为之，唯有如此方能避免外力或行政力量藉检察首长的“职务承继权”及“职务移转权”进行个案干预。同时，为使承办检察官的意见有明白表达的机会，检察长命令移转或承继案件后，检察官固应服从，但仍可提出意见书，以供日后检验。
