尽管台湾地区在“法制”层面严格界分检察行政事务指令权与检察业务指令权，否定“法务部长”有权对检察业务行使指令权，并对“法务部长”的检察行政事务指令权（尤其是检察人事权）层层设防，避免其对检察官办案的独立性造成妨碍，但是，经验表明，在政治挂帅、行政强势而司法赢弱的台湾地区，只要检察体系在组织上仍隶属“法务部”，“法务部长”的政务官属性，就决定了其难免有意无意间干预检察个案。因此，“法务部长”外部指令权的存在，就像一枚埋人检察体系的“定时炸弹”，说不定何时便会引爆、酿成政治丑闻，而台湾民众也正因为这一点对司法（检察）始终持不信任态度。基于此，台湾地区部分基层检察官一力主张废除“法务部长”对检察体系的外部指令权。例如有基层检察官即撰文指出，正是因为“法务部长”外部指令权的存在，导致检察官在调查侦办许多社会瞩目的重大案件时，如“拉法叶案”、“兴票案”、“新瑞都案”、“3·19枪击案”等等，其侦办方向是否受到政治力的不当干预，社会不无疑议，不仅被告认为是“政治迫害”，社会也颇多认为是政治力的司法运用所致，导致检察官越努力侦办特权，越像执政者的“鹰犬”。因此，没有独立的检察部门，社会就不可能相信司法。台湾地区的刑事司法到今天仍不能获得民众的信赖，和台湾的行政权紧握检察机关有密切关系。因而，台湾地区学界和实务界一直都有观点倾向于废除“法务部长”对检察体系的外部指令权，主张在“法务部”之外构建独立的检察体系。{10}至于具体如何构建，有学者主张，应配合“司法院”的改革，釜底抽薪，将整个检察体系由“法务部”改隶“司法院”。{11}但也有学者建言，从台湾检察体系的整体独立出发，应通过或修“法”的方式，将现隶属于“法务部”的检察机关改隶“监察院”，在“监察院”下设“检察部”，置“检察总长”一人，一任四年，不得连任，由“台湾地区领导人”提名，经“立法院”同意后任命。检察预算及检察人事等检察行政事项，由“监察院长”、“法务部长”、“检察总长”及各级检察署检察官代表组成之“检察委员会”掌理。{12}
二、台湾地区检察机关的内部指令权
在台湾地区，检察体系内部上、下级检察官之间的关系适用检察一体原则予以处理。所谓检察一体原则，即上级检察首长除得指挥监督其所属检察官外，对于下级检察署之检察官并有指挥监督之权，如此，则全体检察官遂形成一种上下阶层之组织，而由其最顶点之“检察总长”所统率。
对于检察一体原则，台湾地区“法院组织法”有明文予以规定：一是“法院组织法”第63条赋予了“检察总长”及各级检察长对下属检察官的指挥监督权，同时还规定下属检察官对检察长的指挥监督命令有服从之义务；
二是“法院组织法”第64条规定：“检察总长、检察长得亲自处理所指挥监督之检察官之事务，并得将该事务移转于其所指挥监督之其他检察官处理之。”依据该条规定，上级检察首长既可以将下级检察官的事务收取后由自己亲自处理，亦可以将下级检察官的事务收取后移交由其他检察官处理，此即检察首长的职务收取权和移转权。
上述法条被视为台湾地区检察体系奉行检察一体原则的法律依据。据此，台湾地区检察体系形成了以“检察总长”为顶点的“上命下从”的金字塔结构。在台湾地区，上级检察首长依据检察一体原则而行使指挥监督权和职务收取、移转权，又称为“内部指令权”。与外于检察系统的“法务部长”享有的外部指令权不同，内部指令权适用于检察体系内部即检察长及其下属检察官之间，且该指令权行使的对象既包括检察行政事务也包括检察业务。
检察体系为何奉行检察一体原则？根本原因在于检察体系与法院审判体系之间的结构差异，检察体系由于没有类似于法院体系的审级监督机制，为防止个别检察官误断滥权、适用法令和追诉标准不一等问题，因此，检察体系实行“上下一体、上命下从”的一体化机制，可以发挥类似于法院审级监督的功能，在检察体系内部实现对权力的监控；同时，因检察官手握侦查权，为有效打击犯罪，故也有结成一体、合力侦查的必要。{13}
从台湾地区司法实务来看，检察首长依据检察一体原则而行使内部指令权的情形贯穿于案件的整个诉讼流程。根据台湾地区检察机关的内部作业规定，各个检察官应依分配而受理案件，其对分配的案件因故不能或不宜办理者，应经主任检察官报请检察长核定将该案分予其他检察官，主任检察官认为有因故或不宜办理之情节时，亦得报请检察长处理。检察官执行职务时，应向主任检察官或检察长提出报告，并听取指示。检察官或主任检察官对检察长的指示，有不同意见时，得陈述之，但检察长不采纳时，仍应服从其命令。主任检察官与检察官有不同意见时，应报请检察长核定之。检察官因执行职务撰拟之文件、是否上诉或抗告，皆须经主任检察官核转检察长核定。因此，检察长、主任检察官审阅检察官的法律文书，不仅仅是就文字或形式为审查而已，更及于审查有无调查之事证尚未调查、事实之认定是否适当、法律见解有无违误等事项。{14}
