虽然台湾地区“法院组织法”对“法务部长”的外部指令权作了上述限制，但实践中，由于台湾社会向来政治挂帅、司法赢弱，作为司法行政首长的“法务部长”，藉检察行政事务之“外部指令权”（尤其是检察人事权）干预检察官独立办案的事件并不鲜见。检察人事权，历来是台湾检察实务中最为敏感的词汇，盖因“圈内人”都知道：谁掌握了检察人事权，谁就掌控了整个检察体系。政治人物或不良检察首长掌控了检察人事权，就可借检察人事调动干预司法个案的处理。对此，台湾地区基层检察官皆有切身体会：“检察首长对个别检察官之考绩、升迁、调动、奖惩等有决定权，或决定性之影响力，足以左右个别检察官之宦途。按检察官虽受有身份保障，检察首长无法随意使其失官离职，惟苟检察首长拥有充分之考绩、升迁、奖惩、保荐等人事权，则在其有权使其升官或迁调较高或较适宜地区之情事下，基于人性上宦途考虑，便足以左右甚至迫使个别检察官对检察首长指示或暗示屈服，进而间接达成支配个案正义之目的。”{6}“法务部长”，作为台湾地区检察体系的“最高行政首长”，掌握着检察体系的“核心”人事权，其中包括：(1)对“检察总长”之提名权；(2)对检察长之遴任权；(3)对主任检察官及检察官之升迁、调动提名权。手握上述核心检察人事权，“法务部长”自然有机会通过人事控制间接实现对案件的控制。
正是为对“法务部长”的检察人事权形成一种节制或内控，“法务部”下又设立了“检察官人事审议委员会”，在实践中，重要的检察人事案，由“法务部长”圈选，然后送“检察官人事审议委员会”审核通过，方为有效。在台湾地区的司法体制中，“司法院”下设有“法官人事审议委员会”，而在“法务部”下亦设有“检察官人事审议委员会”，两者功能近似，主要在处理司法（法院系统和检察体系）人事（含法官、检察官的任命、考绩、升迁及惩戒等）问题。但是，与“司法院”的“法官人事审议委员会”由台湾地区“法院组织法”明文规定其设立与构成不同。在台湾地区2006年“法院组织法”修改之前，设于“法务部”的“检察官人事审议委员会”只能算是个“黑机关”，因为其设立并无明确的“组织法”上的依据。不仅如此，“检察官人事审议委员会”的权力及独立性，也远不如“法官人事审议委员会”。“法官人事审议委员会”对法官的人事案进行审议，具有实际的决定权，是一个实质性的决策机构；而“检察官人事审议委员会”对检察人事案的审议更多是形式上的，更像个咨询机构。{7}同时，“检察官人事审议委员会”一共有17位委员，除担任主席的“法务部次长”外，另由地检署检察官选出6名代表担任委员，高检署、“最高检察署”各选出1位委员，其余8位委员则由“法务部部长”指派，如此则官派委员（9名）就超过了民选委员（8名）。由于“检察官人事审议委员会”的成员中，官派委员超过民选委员而形成了人数上的多数，因此，实务中“法务部长”完全可以透过官派委员间接控制检察官的升迁、调动，特别是各级检察署检察长的人事调度，几乎完全由“法务部长”一人决定，这就使得检察人事权成为台湾地区检察体系中对抗政治干预最弱的一环，“法务部长得以通过对检察长升迁、任免，控制案件侦办，检察首长惮于部长的人事权限，私揣其意，选举时侦查不中立之弊害乃愈形明显”{8}。正因为检察人事权完全操控在“法务部长”手中，台湾地区司法实务中屡屡发生“法务部长”（甚至是“台湾地区领导人”）借检察人事权干预检察官独立办案的丑闻。例如，2000年民进党上台后，曾经提出“查缉黑金行动”，并为此专门组建了“查缉黑金行动中心及特侦组”，但在查缉黑金行动“深入腹地”，开始触及（侦办）当时执政的民进党籍地方首长时，民进党籍“法务部长”陈近南受制于党内压力，即借检察人事权陆续将查缉黑金极为果断的数名地检署检察长调任，致使部分黑金案件无法继续侦查。
正因为看到“法务部长”可能借检察人事权干预司法个案处理的弊端，2006年台湾地区“法院组织法”修订时，对“检察官人事审议委员会”在制度上作了重大调整：一方面，在“法院组织法”中明确规定了“检察官人事审议委员会”的设立与构成，使其终于摆脱了“黑机关”的尴尬地位。按照规定，“法务部长”遴任检察长前，“检察官人事审议委员会”应当提出职缺两倍人选，供“法务部部长”圈选。换言之，“检察官人事审议委员会”握有检察长候选人的提名权，“法务部长”只能在“检察官人事审议委员会”提名的检察长候选人中圈选确定最后的人选，这就使得“检察官人事审议委员会”得以对“法务部长”的检察人事权形成了某种实质性的制约。同时，“检察官人事审议委员会”的组成方式也取得了重大突破，民选委员改为9位，在人数上超过官派委员的8位，这使得“法务部长”无法再像以前一般透过官派委员即可操纵检察人事安排。这不仅是一组数字对比的简单变化，而是意味着基层检察官从“法务部”手中夺回了检察人事权的主导权，因而被认为“是基层检察官划时代的重大胜利”。{9}
