最后，从程序法上讲，自然事实同一说更有利于法官自由裁量权的发挥和诉讼效率的提高。法院能否变更罪名或是否有权对改变之后的犯罪事实进行审判是以自然事实同一为其标准。法院对起诉事实的审判是否与起诉指控的事实具有共同性，并不是以罪名是否相同为准，而是以犯罪事实所涉罪名之间是否具有自然事实或生活事实的共通性为准，即法官应着重考察行为人的行为时间、行为地点、行为手段和行为目的之间的联系性。若具有自然事实的同一性，即使罪名不同或者其所依据的起诉书指控事实发生了变化，法院也有权对其进行审理、裁决；反之，就应变更起诉或者追加起诉。这不仅加大了法官自由裁量权的行使，更加尊重了法官的审判权力，也减少了案件往复，提高了诉讼效率。
（一）法律评价的变更
根据《刑事诉讼法》第162条第1项规定：“案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决。”《关于执行＜中华人民共和国刑事诉讼法）若干问题的解释》（以下简称《解释》）第176条第2项进一步规定：“起诉指控的事实清楚，证据确实、充分，指控的罪名与人民法院审理认定的罪名不一致的，应当作出有罪判决。”在这里，“事实清楚”为充分条件，“证据确实、充分”为必要条件。根据上文所述，刑事诉讼法已经肯定了法院对法律评价进行变更的权力，符合公诉事实理论，但其对被告人辩护权的保护却有失偏颇。完善的法律评价变更应当增加被告方的辩护机会，给予其必要的准备时间，所以，应建立法律评价变更告知程序，并允许被告方以合理理由申请延期审理。
（二）指控事实的变更
法院审理过程中发现与指控事实不一致的犯罪事实时，依《解释》第178条之规定：“应当建议人民检察院补充或者变更起诉；人民检察院不同意的，人民法院应当就起诉指控的犯罪事实，依照本解释第176条的有关规定作出依法裁判。”而根据《规则》第352条的规定，法院在审理中发现有检察院未予指控的新事实的，不得进行审理，而应当建议人民检察院变更起诉；人民检察院不同意的，人民法院只能就起诉指控的犯罪事实作出判决。178条的关键在于“新的事实”的认定，有学者认为其包括：“对确定有罪、无罪有影响的事实；对确定构成此罪、彼罪有影响的事实；对构成一罪、数罪有影响的事实；甚至还包括对罪重、罪轻有影响的事实”，{16}(P108)这其中难以确定的是“对构成一罪、数罪有影响的事实”。
