自然事实说的本质即在于区别程序法上的犯罪事实与实体法罪数理论。对此，我国台湾地区学者的见解更能够阐述自然事实同一说的本质，“抽象地说，诉讼法上的犯罪事实，是指一个具体的事件，即一个相同的历史进展过程。……换言之，不管实体法上的评价是犯罪事实单数或犯罪事实复数，历史进程的单数才是构成诉讼法上的犯罪事实概念的基础。”{8}(P217)因此，就行为的整体性质而言，只要各行为所体现的关联性、紧密性、程序性等更能展现历史进程的“整体性”的，便应成为一个诉讼法上的犯罪事实。
2．基本事实同一说
基本事实同一说主要存于日本理论界，尤其是1948年日本颁布《刑事诉讼法》之前。在日本，公诉事实同一性有广义和狭义之分。“公诉事实的同一性是指同一的犯人、同一的犯罪。在什么情况下犯罪是同一的，这是狭义的公诉事实同一性方面的问题。……公诉事实的同一性，是指构成犯罪的事实关系的基本部分的、社会一般观念所认识的同一事实。这种观点称为基本的事实同一说。”{9}(P181)基本事实同一说又有共性标准和非并存性标准。共性标准是以两个事实的共性为标准。即，基本的事实关系存在亲近性、密切性，可以肯定统一性，例如，在犯罪的时间、地点、手段、侵害客体方面存有的共性，皆可认定为具有“亲切性、密切性”；非并存性标准是以两个事实的排斥关系为标准，即，事实关系不重叠，从共性标准来看不是同一的，但认定一方事实就不能认定另一方事实，因为只能有一个事实存在，所以有同一性，{9}(P181－182)最为典型的例子即是基本事实同一，法律评价各异的情形。
3．学说纷争评论
同一犯罪事实的认定理论对刑事司法实践有着极大的价值，并体现着不同理论下对刑事诉讼价值的不同选择和追求。事实同一性的范围认定越广，检察官起诉的范围就越宽，变更罪名的实体限制随之缩小，其更有利于法官的审判，在一次审判中实现刑罚权的可能性较大，这符合诉讼经济的原则，但被告人辩护权行使的防御范围也因而变得不确定。反之，起诉和审判的范围都比较明晰，其受到的限制也就更加严格，变更罪名就要再行起诉，司法资源投入较大，但被告人辩护权的行使范围却更加明确。这些便是自然事实同一说、基本事实同一说等同一事实认定学派产生理论分歧的基础所在，也是各理论存在的价值基础及其追求的司法目标。自然事实同一说所确定的同一事实标准极为宽松，对于法院而言，其有权在此范围内，自由地调查案件事实，并作出裁判。这有利于追究和惩罚犯罪并提高了诉讼的经济价值。但实质上，法院宽泛的调查权使其受检察机关起诉的限制很小，当然，审判范围宽泛而不确定，给被告人的辩护防御也带来了极大的困难。而基本事实同一说中都包含有法律的或规范的因素，这对法院的职权进行了一定的限制，审判的犯罪事实的范围相对确定，有利于被告人实施辩护。
