(2)保障司法。三权鼎立固为共和国之通例，然中国司法一部尚未能独立，司法独立一语特一空谈而已，并未能实现于事实也，且人民程度不及各国之高，若欲仿照外国设置平政院，则于司法独立之精神必致受极大之影响。欲达法治国之目的，非实行司法独立不可，欲实行司法独立，则以维持法官之信用及尊严为始。若设平政院则与行政官关系之案件均提出普通法院管辖之外，行政官既受特别保障，法院必为人民所蔑视，于法院尊严大有损害。
(3)分清权限。考之各国历史，平政院往往因发生事件问题常与寻常法院冲突，或积极之冲突或消极之冲突，于是在两种法院最高机关之上，不能不另设一解释权限之机关。机关既多，而诉讼愈烦，世界各国有设平政院者大抵皆有此弊，中国程度不及各国，此弊尤甚。欧洲大陆诸国设行政法院历有年所，管辖问题多有成案，而至今仍有此弊，况我国一旦贸然行之，管辖问题发生，当事者与裁判官一无成案可凭，其弊当有倍蓰者矣。
同样持反对设立平政院观点的委员王绍鏊认为：
设立一种机关必须细为考察其是否与国家情形相宜，与国家有何种关系，有何种利益，而后再为设置。若平政院者，为吾国向未曾有之机关，然就事实上考察，即无此机关，行政上、司法上并未有何掣肘之处。平政院之制倡始者实为法国，法国古审判所其权力最伟，行政机关多为所挟制，自西历一千七百九十年，法国始有行政审判院之制度，以参议院司最终之裁判。然司法与行政虽分，而权限上仍不免冲突，是以又设权限裁判，自是审判衙门之权力稍杀。是行政审判院之原则原为保护行政权而维持司法权者而设，但行之既久，行政官署权势渐益巩固，不特司法权不能维持，且于司法权反有所侵害，难免滥用权力侵犯人民诉讼自由之弊，于是行政审判院之性质一变。故此制虽行于欧西，但受其利益者甚少，而被其流弊者甚多。即其组织方法各国亦复不相同，其组织既各有差异，则权限自不免纷歧，今吾国必欲采此制度，将来亦不免生出如欧西各国之流弊。[7]
黄云鹏则极力主张设置平政院。认为：
英美不设立平政院乃系因其历史原因。在英国诺尔曼朝时代，行政、立法、司法毫无区别，皆总揽于英王之手。厥后国会成立，而司法与行政仍无法律上之划分，此两种官吏均为英王臣仆，故有皇座审判厅，国王得随时临之，于是司法最高，有监督一切官吏之权，人民权利被官吏损害者皆得上诉于皇座审判厅。至一千七百年后，虽司法脱离王权而独立，而其管辖行政依然如故。美国由英分离，蹈袭英制，亦由习惯，故以普通法院兼理行政裁判。足见中国无此习惯，当以纯理立法采用大陆主义。
对于伍朝枢提出的三项意见，黄云鹏一一加以反驳：
(1)妨害人民自由说。平政院之设原为保障人民自由，如人民对于官吏之处分认为损害权利为据诉讼要求赔偿，或虑官吏左袒，则慎其选任，严定法律，其弊亦易剔也。
（2）损失司法之尊严说。司法尊严之保持应限于司法权内事件，平政院性质明属行政上之裁判，与民刑商事之诉讼迥不相侔，别立机关并不牵涉司法问题。
（3）行政司法管辖权之紊乱说。平政院管辖落落数端，大陆诸国多取列举规定，决不发生积极冲突，如未划归平政院之事件，自应属诸司法裁判，亦无消极冲突。
黄云鹏认为应设平政院理由有三点：
(1)分权上之必要。三权分立为立宪政治一大原则，人民对于行政官厅之违法处分损害权利提起诉讼，盖对于违反行政法规而言，非普通民商法也。官吏是否确守行政法规，行政部自应监督，勿待司法之阑入以束缚其自由裁量。(2)技术上之必要。行政管辖事务性质复杂，如以此等事件概付诸普通裁判，则裁判官既无各项专门知识，必不能审慎周详处理尽善也。若强为行之，技术不精，保无有难免拘文牵义，昧于事实之武断。(3)控诉自由之必要。考法国人民控诉于平政院由下级以至最上级，事实疑问、法律疑问皆可再审，殆无限制。至于诉讼费之减轻，手续之简便，皆所以增广控诉之自由，保障人民之权利。故较诸普通裁判所，其自由范围绰乎远矣。攻击者或又以为平政院审判官由行政部进退，恐受行政部之迫压为虑，则以保障法官者保障之，必能自由裁判，无所顾忌。[8]
委员黄璋也主张设置平政院，认为：
日本明治初年无平政院，凡控诉地方官吏者皆向法院起诉，开司法干涉行政之端。控地方官之案逐日增多，明治五年始议设平政院。可见不设平政院实司法干涉行政之弊。又设平政院与不设平政院以行政诉讼归司法机关比较，据法国经验实例，平政院判决不惟于行政部有益，即使从保护人民私权亦较之通常司法机关为优，可见以有专门学识者裁判行政诉讼之善。然而黄璋虽赞成平政院的设置，但不赞成仿法国或普鲁士制度，以为宜使平政院为独立机关，与司法机关等其任命，其保障之法悉与司法官同，则有设平政院之利，无平政院之獘，有熟悉行政之益，无偏袒行政官之事，与主张归司法机关审理者并不冲突也。[9]
