首先，公司法中应当进一步明确公司的本质，即公司为资本所有者所有、是股东的投资工具。一方面，从公司的起源开始，股东投资于公司，从而公司为股东所有、为股东投资的工具，在市场经济发达国家一直被认为是理所当然、天经地义的事情，这是西方悠久的产权保护和完善的私有财产制度的传统与精神的写照；而公司制度则是西方社会中私有财产制度的演进形式。即使在现代公司或企业、尤其是大公司企业，无论怎样被股东或出资者以外的利益主体，包括经营者、职工、银行、公众和社会团体、政府等（不排除这些主体本身就是股东）所支配，公司或企业归根到底是处于股东或出资者的监督、控制之下，法律绝不允许公司或企业的行为违背股东或出资者的根本利益。[48]虽然，在西方国家的法律中几乎没有“股东是公司的所有者权益承担者、公司为股东的投资工具”字样的规定，但传统的法治精神以及渗入骨髓的权利意识，使公司的本质如同“天赋人权”、“人生而自由”、“私有财产神圣不可侵犯”等一样成为人们的共识。在我国，公司的本质被人们所曲解，而这种曲解在现实公司实践中引起了相当多的问题。2005年《公司法》的规定使本来就存在误解的公司本质变得更加混沌。[49]基于此，在我国公司法中进一步明确公司的本质，不仅有利于促进公司法中各种具体的公司制度功能的有效发挥，也为人们对公司认识与观念的转变提供了必要的指导。另一方面，公司法对公司本质的明确规定是公司法股东自治理念确立的前提与基础。公司、公司制度与公司法三者是紧密联系在一起的，而三者关系除了历史的渊源与制度的依存之外，股东的存在及其权益的保障成为另一条贯穿三者的线索。而在我国，却鲜有学者对此展开论述，而主流“当家的”学说—公司（法人）所有权说的本质和作用只在于使公司完全独立于小股东，确保大股东或公司内部人员对公司的控制和操纵；由此也就可以理解，中国上市公司的大股东或董事等高级管理者何以在侵害小股东的权益上毫无顾忌。[50]实质上，公司法中公司本质的明确并不只是单纯地为了说明“公司是股东的财产，还是一个独立的实体？”，[51]而是进一步确立股东在公司组织之中的核心地位，这样在公司法中确立股东自治的理念时，人们才能将公司法理念的客观性认识得更加清楚。
其次，淡化公司法中的行政干预色彩，在公司法中确立法院中心主义。虽然国家对于公司事务可以基于效率与非效率等众多理由进行干预，[52]而且公司企业的经营发展往往涉及第三人利益，由此企业的财务会计外在化为强行法律制度，信息披露及其管理、职工参与、国有企业制度等规则逐步进入公司法律内部，成为公司法的重要组成部分。但是，就公司内部的经营管理而言，公司作为股东的领地，国家几乎不会主动地介人公司内部的经营管理。在公司法体系中，公司内部的经营管理一般受到内外两方面的机制制约。内部制约机制源自公司内部法人治理结构的互动与制衡；外部制约机制则来自行政机关与司法机关的公力干预与监督。而现代国家对公司行政干预主要体现为公司登记主管机关对公司设立、变更、注销登记的管理，证券主管机关对股份公司股票发行、交易的监管等来影响公司运作。这种行政干预实际上是把公司作为整体从外部进行管理，虽然有利于督促公司内部治理结构的合法、有效运作，但并不直接涉及该公司内部各利益主体之间的权利、义务的协调。直接对公司内部各主体间的权利冲突、利益矛盾进行整合、协调的任务只能由司法机关来完成。司法机关的独立地位及其专负法律实施的职责，使其有足够的能力和权威去救济私法主体的权利并为治理结构的有效运作提供程序保障。所以，司法程序的监督与保障又是现代公司外部作用力的主要源泉。翻开诸西方国家公司法，可以发现法院不仅仅以诉讼程序为相关利益主体提供权利救济，而且还充当“监护人”一样的角色以非诉讼程序不时地介入公司的自力运行机制。[53]就公司内外两种机制的关系而言，内部机制是外部机制存在的基础，外部机制通过内部机制起作用，是为克服法人治理结构—公司运作的自我调节机制—的局限性而存在的，尤其是司法程序保障对内部机制有恢复运作或替补的功能。[54]所以，法律机制总体上来说只应当作为私人意志的中立的推动者。[55]国家对公司内部事务干预的手段，主要是通过公司立法为公司的设立与发展提供良好的参照和提供纠纷解决的途径，公司的内部事务主要是交由股东自治而完成的；干预的目的也仅仅在于为公司竞争有效率的开展提供便利（防止公司僵局的出现）、恢复公司的经营秩序以及维护社会公平、正义。然而，在我国公司法律中，虽然较之1993年公司法，2005年公司法中的行政干预色彩已经大为减少，但是毋庸讳言，传统的干预思维与立法习惯的惯性，使得2005年公司法中的行政干预色彩依然明显，尚未完全确立法院中心主义。例如，在我国公司法中还尚存大量对于违法行为的行政制裁，主要采取罚款或撤销公司登记的行政手段来制裁有关责任者或公司。这种行政干预方式实质上是国家取代了公司股东的地位，对公司内部经营管理行为的直接干预，对于公司股东自治而言具有极大的危害性。[56]而成熟市场经济国家的公司法采用法院中心主义，为公司运作所提供诉讼与非诉讼的司法程序保障。这种方式是被动实施的，是股东或其它利益主体自我选择的救助，直接出于维护自己或者公司的合法权益的动机，如果股东不提起诉讼，法院并不会主动介入公司的经营管理。显然，这种方式的发起，主动权是在股东的手中，股东可以依据自己的利益和意志提出救助，实质上也是股东自治的一种表现。
（二）转变政府角色
在市场经济发达国家，国家对经济的干预必须具有法律依据，依法行事。一般而言，经济立法往往是市场经济发达国家干预经济的基本方式。国家在市场经济发展过程中发挥三方面功能，即在市场经济中起到最低程度的保护作用，通过制定必要的法律维护市场公平竞争和经济秩序，国家充当“守夜人”的角色；国家在市场经济中充当仲裁人的角色，对违反法律的行为进行裁决，维护市场经济的有效运行；国家采用财政和货币政策实现保障宏观经济的稳定增长，实现充分就业或降低失业率，调节社会收入分配，处理公平与效率的关系。[57]而在我国，受长期的计划经济体制的影响，国家、主要是行政机关对于人们生活的干预已经达到细致入微的程度，大到分房结婚，小到买米买面，无不渗透着政府的身影，人们的自主、自治空间极小。在企业的设立与经营管理方面，也均由国家下达指令性计划进行，企业几乎没有经营自主权。改革开放以后，虽然随着市场经济体制的建立，国家对经济与社会的干预程度有了显著的降低，但是，众所周知，我国的改革是在政府主导下进行的，政府主导着改革的所有制度供给，使包括法律的制订（立法）与执行（司法）中都包含着政府的目标。[58]对于我国法治的实现，有不少学者曾经直接指出，“依法治国”中的“治”就是“法治”，治国的根本首先是指国家机器，然后才是指人民；不先治好国家机器和官员，人民是治不好的。[59]法治的根本在于对政府的规制。在实现股东自治方面，实际上情况也是如此。如果我国政府，尤其是行政部门没有确立股东自治的理念，那么，公司设立与经营过程中的过多的行政干预显然将成为阻碍公司自治开展的最大障碍。
