然而，合伙协议的内部约束机制则同样会受到公司法理的制约而难以完全奏效。首先，合伙协议具有相对性，不能直接作用于公司治理机制之中，一旦作为执行合伙人的显名股东违反合伙协议或决议的约定时，隐名出资人只能向其追究违反协议的损害赔偿责任而不能直接否认显名股东行使股东权的效力。其次，如果隐名出资人选择终止合伙关系，也并非仅仅通过清算就能解决双方权利义务的分担问题。当合伙清算与公司法制衔接的时候，如同前述以代理作为隐名出资的基础模式一样，股东地位的归属并非基于合伙人的约定即可改变，仍受登记公示效力的制约；如果采用股权转让方式，还是会受到有限公司股权转让规则的制约而有可能使当事人预期目的不达。
三、主动的信托设计
如果隐名出资协议采由显名股东行使股东权，仅以隐名出资人作为股权受益人的内部关系模式，那么隐名出资的内部关系就是一种典型的超越合同相对性的信托设计。在这种法律关系中，隐名出资人是委托人或信托设立人，将自己的特定财产（按照公司法的要求，应当是货币或可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产）让渡给受托人，通过受托人以此财产对公司出资将其转化为公司资本，受托人成为名义上的股东对该份出资享有股东权而成为显名股东，隐名出资人在信托文件中指定的人（通常就是隐名出资人本人）[6]作为信托的受益人，信托财产为相应的出资份额。
在隐名出资信托法律关系中，作为受托人的显名股东是被记载于公司登记簿的公示的公司股东，直接根据其所持有的出资份额行使股东权。公司法的宗旨是股东利益最大化；然而就显名股东而言，应当在行使股东权的过程中追求受益人（隐名出资人）利益的最大化，忠实地为受益人利益处理信托事务，不得将自身置于与受益人利益相冲突的地位，[7]不得利用其受托地位为其谋取秘密利益。例如作为受托人的显名股东运用其地位使自己获得有报酬的职位，或者利用其掌握的信托信息获利等，除非有合理的抗辩，都会被认为是违反受托人的忠诚义务的。
根据信托法的原理，信托财产具有独立性。信托财产独立性具体表现在：信托财产与委托人的非信托财产相区别；与受托人的固有财产相区别，受托人因法定事由终止时，如受托人死亡或者受托人被依法解散、撤销、宣告破产，信托财产不属于受托人遗产或者清算财产；信托财产非因法定事由，不得强制执行；信托财产因受托人管理、处分产生的债权，不得与受托人固有财产产生的债务相互抵销；受托人管理、处分的不同委托人的信托财产产生的债权债务，相互之间不得抵销。信托财产的地位独立于信托各方当事人，财产本身体现出一定人格，与委托人、受托人、受益人三方的自有财产相分离而单独管理，并且不受此三方之债权人的追及。衍生于信托财产独立性原理的信托财产的“同一性”[8]理论轻松地克服了隐名出资人物权、债权、知识产权等形式的出资转化为公司出资份额后信托关系的延续性问题，将因管理、处分所发生的财产形式的变异及收益也纳入到信托财产范围之内。就隐名出资法律关系而言，作为信托财产的股权独立于隐名出资人（信托委托人和信托受益人）、显名股东（受托人）的任何责任财产。隐名出资信托财产的独立性除了确保股权与受托人、受益人的固有财产分离，避免股权受到债权人追及外，而且在显名股东破产的情形下亦不得用以清偿其对债权人的债务，以保障隐名出资人的权益。
