（二）调解监督机制不完善。当前，在办案实践中，由于轻微刑事、民事行政申诉和解和控申案件的调解数量大幅增长，而社会公众对于在当前社会矛盾大调解机制的条件下，各类调解结案的案件所产生的政治效果、法律效果和社会效果还存在一些异议，有的认为有虚假诉讼调解、强行调解、“花钱买刑”的可能，社会公众对调解的客观、真实、公平产生疑虑。如何能确保调解结果做到客观公正，谁在监督，当事人调解后不服有异议如何获得救济等，这些都是检调对接机制中存在的空白问题。对检察机关而言，在当前的历史条件下，仍然存在其检察职能发挥的不充分性、不全面性等特征，社会公众对检察机关的新期待新要求也在不断增加，检调对接机制作为检察机关的一项创新性、探索性机制，其合法性、规范性、操作性和时效性，需要我们进一步探索和实践，必须建立健全一套完善的监督长效机制，防止出现社会公众的疑虑和歧义。同时，也存在对检察官在机制运行中作用的监督问题。由于调解机制涉及加害人与被害人的双方利益问题，一方为了实现其既得非法利益，不顾另一方的利益，与检察官“交易”，甚至进行不正当利益交换，在调解监督机制不完善的条件下，有可能进行强行调解的可能，容易导致损害另一方合法利益情况的发生。
（三）调解程序不规范。由于调解案件的多样性、复杂性，有时不但要受到客观因素的影响，有时也会受到各种主观因素的影响，实践中存在调解程序不规范的问题。主要表现在：1、法律规范欠缺。有人认为，检调对接机制的适用，是当事人之间不分是非曲直的私了行为，以至于社会公众对其结果的合法性和公正性提出质疑。在司法实践中也产生了一些负面影响，致使国家和社会公众利益受到忽视，少数犯罪嫌疑人因此轻视法律而再次实施犯罪，有的家庭困难的被害人屈从于经济条件好的加害人，为了经济利益而违心地接受和解。2、调停人混乱。有的不起诉案件，检察官直接充当调停人，致使检察官的公权力或多或少地对当事人产生影响，导致双方当事人有时不能充分表达意愿。有的是由某些部门的负责人担任调停人，为了某种需要而调解。3、和解方式单一。在复杂案件中，如案件出现多个加害人或者多个被害人，如果被害人只同意与其中部分加害人和解，或者只有部分被害人同意和解，和解处理方式存在单一现象。而在实践中多采用一致同意原则，忽视和损害了其他加害人或者被害人利益。4、片面理解机制内涵。检调对接制度是被害人与加害人达成一种协议或谅解，促使国家机关不再追究刑事责任或从轻处罚的诉讼制度，其价值取向之一是“愿意放弃对抗，寻求合作”[5]，经和解以避免刑事追诉所形成的负面效应，减轻犯罪人回归社会的困难，是不追究刑事责任与非监禁刑、非刑罚化的统一。从处理结果来看，既包括不再追究刑事责任，又包括从轻、减轻处罚。但实践中往往重视前者而忽视后者，甚至片面理解为不追究加害人的刑事责任，有的办案人员往往误解，既然达成刑事和解，取得被害人的原谅，甚至被害人要求不追究刑事责任，那么就只能作出相对不起诉或撤案处理，甚至将应该起诉的案件也作不起诉或撤案处理。
