综上所论，保证合同约定的保证期间是有效的。在这期间，主债权超过诉讼时效的，并不能否定保证期间的效力，只不过赋予保证人以抗辩权，保证人可以行使，也可以放弃这种抗辩权。虽然2007年10月1日施行的《中华人民共和国物权法》第202条规定“抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权；未行使的，人民法院不予保护。”但本文认为，此处规定只是针对主、从合同的诉讼时效关系而言，不足以类推适用保证期间与主合同诉讼时效的关系，因此笼统地说保证人承担或者不承担保证责任是不合适的。
三、保证合同诉讼时效与主合同诉讼时效
在保证制度中，对保证期间的研究不可避免地要涉及到对保证合同诉讼时效与主合同诉讼时效关系的探究，因为这有利于加深对保证期间法律性质的理解，并且可以从保证期间、保证合同诉讼时效、主合同诉讼时效三者在保证制度中的整合转化中更好的平衡债权人、债务人、保证人三者利益。
（一）保证债务与诉讼时效中止
有学者认为，对一般保证人只需要在实体审理和执行中肯定其作为第二顺序债务人，就满足了先诉抗辩权的要求，没有必要处处体现“先诉抗辩权”，不能机械地认为先诉抗辩权可以对抗法院的审理。比如《德国民法典》第202条规定，时效因给付迟延或者义务人由于其他原因暂时有权拒绝给付而中止，但不适用于……先诉抗辩权……。由此可见，先诉抗辩权不能导致诉讼时效的中止。但本文认为，所谓“先诉抗辩权不能导致诉讼时效的中止”欲通过举重明轻的推理来否定先诉抗辩权的行使迟滞诉讼时效起算的理论，实际上存在着误解。因为在已经有保证期间发挥作用的情况下，诉讼时效期间起算点定得早，意味着提前了保证期间的开始时间，留给债权人行使债权的时间相对短，对债权人并不利；反之，确认先诉抗辩权的行使迟滞诉讼时效期间的开始，留给债权人较多的时间，同时，也顺延了保证人承担保证责任的时间，形成双赢，是适当的制度设计，诉讼时效期间的中止则是有利于债权人，使债权人行使债权的时间相对延长。
关于保证债务与诉讼时效中止的问题，《担保法司法解释》第36条第2款规定：“主债务诉讼时效中止的，保证债务诉讼时效中止。”本文认为，只有在保证债务的诉讼时效期间已经开始起算的情况下，依据主从关系原理，认定主债务诉讼时效中止的，保证债务诉讼时效才中止；在保证债务的诉讼时效期间尚未起算的情况下，主债务的诉讼时效中止，并不引起保证债务的诉讼时效中止。
