正确处理撤诉适用阶段与原有判决既判力之间的关系。被告改变被诉具体行政行为原告同意而申请撤诉，一般发生在一审程序阶段，但在二审程序乃至再审程序阶段也有可能发生这种情况。以往往往片面强调判决的既判力和稳定性而否认二审和再审阶段的被告改变被诉行政行为，这在事实上是不利于化解行政争议，妥善解决行政纠纷的。应当认为，现行规定更符合实际。但是，如何解决原有裁判的既判力与二审和再审期间撤诉之间的关系，也是值得进一步研究的。这个问题似乎不是一个司法解释能够胜任的。这涉及到司法裁判的执行问题。
完善撤诉与调解之间的关系。目前有关行政诉讼撤诉的相关规定，其基点是以保护原告的利益为重，因而也必然显示出浓厚的职权主义色彩。但是由于其背后的真正动因在很大程度上是行政诉讼中的调解问题，因而又不可避免地使得有关撤诉的规定成为行政诉讼中调解的合法外衣。最高法院要求各级法院通过认真执行《撤诉规定》，积极探索协调解决行政争议的新机制，提倡和鼓励双方当事人通过合意协商，在妥善解决行政争议的基础上通过撤诉的方式结案。无论从《撤诉规定》出台的背景、还是从其具体内容以及最高院的通知精神，我们都不难看出《撤诉规定》的主要目的就是要在现行法律框架下通过撤诉这个中间环节来解决行政诉讼中的调解问题。[24]但是，《撤诉规定》的颁布是否就意味着行政诉讼调解机制就已经建立起来了呢？现行撤诉制度实际上承受了行政诉讼不能承受的调解之重。
由于种种限制，《撤诉规定》还远远没有建立起行政诉讼调解的整个机制。这一方面限于现行行政诉讼制度的总体限制；另一方面，则是限于撤诉与行政诉讼调解制度之间既有联系又有区别的关系。这一点特别值得我们关注。虽然行政诉讼调解的结果并不一定均以撤诉结案的方式表现出来，协调协议、行政机关的履行以及采取相应的补救措施，甚至包含协调内容的一定的判决等，都可以成为行政诉讼的协调机制的形式，但无疑，原告撤诉是较为理想的形式。正因为如此，最高法院从规范和突破行政诉讼撤诉的角度，将撤诉作为现行行政诉讼制度框架下，完善行政争议解决方式以及深化司法制度改革的一个举措。具体一点讲就是，试图在现有制度下将行政诉讼调解机制融入撤诉制度予以规范。但是，如上所述，《撤诉规定》没有也不可能建立起行政诉讼调解的完整机制，充其量只能在一定范围内为行政诉讼调解提供尽可能的制度保障。[25]
各项具体制度的建立固然很重要，但法院无疑处于枢纽之地位。因此，必须充分发挥法院在撤诉中的功能。法院在行政诉讼撤诉中到底扮演何种角色，目前的有关规定并不十分清晰。例如《撤诉规定》第1条中的“建议”仅仅是明确地表明了法院在被告改变被诉具体行政行为中的地位和作用。正确理解并发挥法院在行政诉讼撤诉中的作用，这是行政诉讼撤诉制度中特别不可忽视的重要问题之一。
最高人民法院在《关于认真贯彻执行＜关于行政诉讼撤诉若干问题的规定＞的通知》中指出，由于行政诉讼中被告改变其所作的具体行政行为，原告同意并申请撤诉，是建立在当事人自愿的基础上，合议庭可以发挥宣传、建议、协调和法律释明的作用，但要严格遵循当事人自愿原则，坚决防止和杜绝动员甚至强迫当事人撤诉的现象。既要尽可能通过协调化解行政争议，又不能片面追求撤诉率，侵害当事人合法权益。该规定本身应当说是很好的。既然通过撤诉达到案结事了是解决行政争议的一种新的机制，那么法院就应当发挥其积极功能，尽力促成该新机制发挥其最大化的功能。可问题在于如何真正做到“既要尽可能通过协调化解行政争议，又不能片面追求撤诉率，侵害当事人合法权益”。在这个问题上切忌从一个极端走向另外一个极端。[26]
如果说原先“行政诉讼大规模的撤诉现象是在缺乏有效的司法保护和监督的情况下，原告、被告和法院三方博弈的结果”[27]，而目前节节攀升的撤诉率是在特殊历史条件下不可避免的现象，那么，未来行政诉讼撤诉不管其比率是高还是低，都应当在一种规范有序且相对稳定的制度之下运行。撤诉问题涉及到原告的权利保障、被告的权力监督和法院的职责范围以及三者之间的关系。所以未来行政诉讼撤诉制度应当将其作为深化司法改革的重要举措，从宏观法律文化环境的改善，到中观行政诉讼制度的完善，再到微观撤诉制度本身的完善等各个环节予以高度重视。法院裁判固然是解决行政争议的方式之一，但是绝对不是唯一的方式，甚至不一定是最好的方式。裁判有时不一定能达到案结事了的目的，还有可能激化矛盾。因此在当前社会转型、结构调整的新形势下，包括行政争议在内的各种争议明显增多，应当探索有效解决行政争议的新机制。基于以上的分析，未来《行政诉讼法》的修改在撤诉问题上，应当明确立法意图、扩大适用范围、细化审查标准、规范撤诉程序、拓展救济渠道、强化裁定效力。
