一是在对依法治国基本方略的认识和理解上，还缺乏应有的高度、深度甚至存在错误认识。例如，有的干部认为法律是用来治老百姓的，依法治国在有的地方不是依法治权、依法治官，不是尊重保障人权、造福人民，而是蜕变成某些干部“依法治民”的工具；有的干部认为民主麻烦，程序罗嗦，法治无用，法律无能，对依法治国基本方略事实上持怀疑甚至否定态度，竭力推崇甚至实行人治；有的人把实施依法治国基本方略与坚持中国共产党领导、保障人民当家作主割裂开来甚至对立起来，提出“法大还是党大”、“权大还是法大”等问题，似乎继续推进依法治国就不能坚持中国共产党的领导，落实依法治国基本方略就要取消人民代表大会制度，“三者有机统一”的原则还没有达成共识、没有真正深入人心。
二是在法治建设和依法治国的实践中，有法不依、执法不严、违法必究、不依法办事、不遵守宪法法律的现象不在少数。从行政机关执法方面来看，既有行政执法不作为的问题，例如屡屡见诸报端的环保问题、食品安全问题、安全生产问题、交通秩序问题、物价监管问题、黑势力欺行霸市问题等等，某些行政执法部门和执法人员对人民群众高度关注和不断呼吁政府解决的这些问题，经常是视而不见、充耳不闻、告而不理；也有行政执法乱作为甚至是违法行政的问题，诸如“钓鱼执法”、“报复执法”、“野蛮执法”、“违法拆迁”、“刑讯逼供”、违法审批、乱罚款、乱处罚等现象屡禁不绝，个别执法人员甚至与社会上黑恶势力相勾结，狼狈为奸、沆瀣一气，执法犯法、执法犯罪。发生在云南晋宁县看守所的李荞明被牢头狱霸以玩游戏为名殴打致死的“躲猫猫”事件，上海闵行区执法大队的“钓鱼执法”迫使司机自断其指证清白事件，河南打工农民为证明自己在工作中患上了“尘肺病”而被迫“开胸验肺”事件等等，所有这些事件，都给2009年的中国法治抹上了历史的污渍。
从司法机关行使审判权和检察权方面来看，司法腐败和“打官司难”、执行难等问题并没有彻底解决。某些部门和领导干部非法干预司法审判，批条子、打招呼，权法交易，为当事人牟取不正当利益；某些司法人员收受贿赂、“吃了原告吃被告”、“法官消费，律师买单”、滥用司法权、司法不公等现象仍未杜绝。“2009年全国‘两会’上，最高人民检察院的工作报告中有关贿赂犯罪部分，全国涉案官员有13000多人，其中司法机关就占了2620人，司法系统的贿赂犯罪占全国贿赂犯罪的五分之一。而这2620人中，涉及法官占了32%，检察官占10%，法官的比例远远高于检察官。”在十届全国人大第29次会议上，全国人大常委会副委员长顾秀莲作全国人大常委会关于跟踪检查《法官法》、《检察官法》实施情况的报告时说：“当前，法院、检察院的工作仍有一些需要不断改进、提高的地方。有的法官、检察官办关系案、人情案、金钱案，一些地方‘收支两条线’尚未真正落实，两院经费保障实际上是与上缴国库的诉讼费、罚没款挂钩、‘以收定支’……法院、检察院自己找经费、搞创收、与当事人‘同吃、同住、同行’等损害司法公正的做法。”对于上述问题，必须采取有效措施解决。
