当然，政府利益与国家利益在根本上是一致的。但在政府行政管理的具体过程中，政府利益又确实是一种不以个人意志为转移的客观存在。政府利益是社会利益表现于政府行政管理中的实际利益形式。政府机构行政管理的实际利益形式，既有普遍性，又有特殊性。普遍性在于政府机构都是一般社会利益实现的载体，特殊性在于政府机构具有自身的独立利益。政府机构依靠正当的途径实现自身独立利益，是合法的，但对普通民众来说就未必是合理的。这与公民过高的心理期望值是有关系的。因为人们一直承袭着计划经济体制下的评政思想观念，认为政府应是全心全意为人民服务的，不应该有自身的独立利益。实际上，政府机构自身利益的实现同一般社会利益的实现之间并不存在必然的矛盾，并非是非此即彼的关系。政府自身利益的实现也同样有助于一般社会利益的实现，两者可以达到和谐统一。其前提是必须坚持一个基本原则，即坚持个人利益、群众利益和政府利益之间的协调统一。这正如邓小平同志所指出的：“必须按照统筹兼顾的原则来调节各种利益的相互关系。”因为改革的过程实质上也就是利益重新调整的过程，改革能否取得成功，一个重要的因素就是要看它在多大程度上符合大多数人的利益要求，“不重视物质利益，对少数先进分子可以，对广大人民群众不行，一段时间可以，长期不行。”不重视各方面的利益，必将阻碍改革的顺利进行。过去二十年来的改革进程，充分地证明了利益相互递增对于推进改革的重要作用。
但是，随着改革的深入，遇到的阻碍亦越来越大。改革方案是由政府领导人和政府的相关部门制订的，改革政策的执行也要依赖各级政府机构，政府是改革的主要推动力量。同时，改革又是政府机构的自我改革，转变政府职能要求削弱一部分行政机构的影响和权力。在市场经济的推动下，政府愈来愈明显地表现出本地区或本部门利益代言人的作用，而不仅仅只是政府最高决策者意图的执行者或公共利益的代言人。事实上，各级政府机构积极工作人员已经具有了既不同于全局利益也不同于部门或地区利益的相对独立的利益取向，从而造成了利益格局的变化和矛盾，使得利益协调成为进一步推进和深化改革的迫切需要。一方面，政府机构及其工作人员如果无限制地追求自身利益，势必损害经济组织和社会主体的利益，引起人民群众的强烈不满，造成利益冲突甚至利益对抗，影响社会稳定。另一方面，如果无视政府机构自身的独立利益，各项改革政策和改革方案同样也会层层受阻。比如改革开放以来历次机构改革总是跳不出“精简――膨胀――再精简……”的怪圈，这就充分地说明了妥善处理各不同利益主体之间的关系，高度重视并认真加强利益协调的重要意义和作用。
