（二）《两岸条例》专门规定了涉及两岸“民事事件”的法律适用原则。但在许多情形下，附加了优先适用台湾法律要求的原则。[26]
（三）《两岸条例》中“公共秩序或善良风俗者”外延过于宽泛。如何界定“公共秩序或善良风俗者”？台湾学者认为，对此问题可参照台湾其它立法的规定。[27]台湾涉外民事法律适用法第25条之立法理由：“所谓公共秩序，不外立国精神及基本国策之具体表现，而善良风俗乃发源于民间之伦理观念，皆国家民族所赖以存立之因素，法文之规定，语虽简而意极赅，俾可由执法者体察情势，作个别之审断。”可见，“公共秩序或善良风俗者”是看不见摸不着的东西，缺少客观标准，其自由裁量权完全掌握在法官手中。但是，如果“过分重视公共秩序，会使两岸仲裁裁决的认可、执行变得不确定，有关规定似乎不是制度性的，而具有特案特办的个案色彩、政策性色彩。”[28]
《两岸条例》规定了一些禁止性的法律条文，从而对大陆的仲裁裁决做出了实体内容的制约，从而使得台湾法院可以违背公共秩序为由拒绝承认和执行大陆的仲裁裁决。[29]
有台湾学者指出，截止目前为止，台湾法院在认可和执行大陆仲裁裁决（或民事判决）时，还未有以违反台湾“公共秩序或善良风俗者”为由而遭驳回的案例，[30]但在前述台湾台北地方法院95年度抗字第71号民事裁定中，法院类推适用“仲裁法有关承认外国仲裁判断之审查事由规定”，从而间接适用“公共秩序或善良风俗者”的结果，将会导致对大陆仲裁裁决的拒绝认可和执行。而前述台北地方法院民事裁定93年度仲申字第15号案似乎就是明证。
（四）《两岸条例》将法院的民事裁判与仲裁裁决一并解决，没有突出仲裁的特点。民商事仲裁不同于司法判决的主要区别之一，就是仲裁不涉及主权、政治等因素。进而言之，这种不做区分的规定，因为两起大陆民事判决在台湾的拒绝认可和执行，已引起了学者、律师们的高度关注。[31]正如中华仲裁协会理事长李念祖先生所担心的，“如果大陆民事判决会有这样效果的话，大陆的仲裁裁决也会面临同样的问题。”[32]
（五）台湾法院在实务中，将大陆仲裁裁决视为外国仲裁裁决，类推适用对外国仲裁裁决的审查标准和程序，有违一个中国的原则。“实务上在审理认可大陆地区作出的仲裁判断时，法院不能只依两岸关系条例第74条规定形式审查大陆地区作出的仲裁判断有无违反台湾的公序良俗，而应将审查范围扩及仲裁法第38条、第49第及第50条所定法院就申请执行我国仲裁判断或承认外国仲裁判断所可审查的事项。”[33]如前文所述，台湾台北地方法院民事裁定九十三年度仲申字第15号，在驳回申请人申请认可、执行中国国际经济贸易仲裁委员会上海分会的裁决时，其理由之一就是视大陆仲裁裁决为外国仲裁裁决。
