大陆地区的仲裁裁决属于“国内仲裁判断”还是“外国仲裁判断”？台湾学者们的认识并不一致。有的认为“在大陆地区所为之仲裁判断，非外国之仲裁判断，亦非中华民国仲裁判断，其有无效力，要看是否符合我国仲裁法的规定”；有的认为“仲裁判断可依引用法律的来源（大陆或台湾）区别有无效力，仲裁团体与地点则不论，结果均应视为有效。”有的认为“在大陆地区所为之仲裁判断，其系依据何法律而仲裁，若系依中国大陆之仲裁法所为之判断，则不发生仲裁判断之效力”；有的认为“中国大陆之仲裁判断，我国法院亦得视为外来判断，透过制定特别法之方法，予以承认及执行”，还有的认为“大陆地区作成之仲裁判断应非‘内国仲裁判断’亦非‘外国仲裁判断’而为一种‘特别仲裁判断’。”[15]根据《两岸条例》的立法及台湾法院的实务来看，后两种观点较为务实和可行。
台湾法院在实务中，将大陆仲裁裁决视为既不同于“内国仲裁判断”也不同于“外国仲裁判断”的一种特殊的仲裁判断。台湾台北地方法院95年度抗字第71号民事裁定认为，“在大陆地区作成之仲裁判断依现在我国与大陆地区之关系，固难谓系外国仲裁判断，亦难认系我国仲裁判断，其许可与否之审查，纵不与外国仲裁判断等同视之，亦不应较我国仲裁判断为宽松。”
但是，由于《两岸条例》并未对不予认可大陆仲裁裁决的具体事由作出明确规定，因此，当法院经审查认为大陆的仲裁裁决有程序瑕疵而不予认可时，即会类推适用台湾仲裁法第47条的规定，视大陆仲裁裁决为外国仲裁裁决，进而按照认可外国仲裁裁决的标准进行审查。[16]在此种情形下，大陆仲裁裁决的地位，实质上处于台湾仲裁法第47条之“外国仲裁判断”的地位。
台湾台北地方法院民事裁定93年度仲申字第15号，在驳回申请人申请认可、执行中国国际经济贸易仲裁委员会上海分会的裁决时，共阐述了三个理由。其中第二个理由是：“按在中华民国领域外作成之仲裁判断或在中华民国领域内依外国法律作成之仲裁判断，为外国仲裁判断。外国仲裁判断，经申请法院裁定承认后，得为执行名义，仲裁法第四十七条第一项及第二项分别定有明文；又依台湾地区与大陆地区人民关系条例第七十四条第一项规定，在大陆地区作成之民事确定裁判、民事仲裁判断，不违背台湾地区公共秩序或善良风俗者，得申请法院裁定认可。次按仲裁事件当事人之一方，就仲裁人之选定或仲裁程序应通知之事项未受适当通知，或有其它情事足认仲裁欠缺正当程序者，该方当事人得于他方当事人申请法院承认该外国仲裁判断程序中收受通知后二十日内申请法院驳回其声请，同法第五十条第三款亦设有规定。”[17]法院的该项理由，将大陆的仲裁裁决识别为“外国仲裁判断”。
