（四）执法干预大，责任不明。
行政机构主要负责基层的执法任务，但由于缺乏独立的法律地位，上级的决定便成了主要的执法依据，虽然公务员法有关于公务员说“不”的权利的规定，[3]但真正实现从绝对服从到相对服从的转变，培养公务员独立政治人格的形成，仍有很长的路要走，实践中往往是上级的命令错了，板子却要打在执行者的身上。
四、行政机构法律责任承担机制的完善
长期以来，在我国行政法学研究中，行政机构的设置、职权、责任承担等问题不被重视，这一方面是因为行政机构独立行使权力的规定较少，不是行政执法的主要主体，另一方面也与行政机构用语上的混乱有关，在更多的层面上将其等同于行政机关了，从而未能引起研究者的足够重视。完善行政机构法律责任承担机制是一项系统工程，主要应做好以下几个方面：
（一）明确行政机构的设置条件。
关于行政机构设置方面的立法主要有两部，即《国务院行政机构设置和编制管理条例》、《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》，根据这两部立法的规定，行政机构包括国务院办公厅、国务院组成部门、国务院直属机构、办事机构、国务院组成部门管理的国家行政机构、议事协调机构。地方各级人民政府的行政机构，主要指地方各级人民政府的工作部门、议事协调机构等。从上述规定可以看出，我国立法中所指的行政机构并非指行政机构设置的内设机构、派出机构。关于本文所指的行政机构的设置只有《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》的十三条指出：“地方各级人民政府行政机构根据工作需要和精干的原则，设立必要的内设机构，县级以上地方各级人民政府行政机构的内设机构的设立、撤销、合并或者变更规格、名称，由该行政机构报本级人民政府机构编制管理机关审批。”纵观现有立法的规定，行政机关的内设机构和派出机构的设立缺少立法规范，有待组织法明确行政机构的设置条件。
（二）赋予行政机构必要的职权。
根据国务院关于加强市、县依法行政工作的决定的要求，执法的重心要下移，也就是指要加强基层执法。行政机构是我国基层执法的主体之一，但现行立法赋予行政机构执法权较少。从授权的形式来看，《行政诉讼法》第二十五条规定，法律法规授权的组织所作的具体行政行为，该组织是被告。但最高人民法院《解释》第二十条所指的授权是法律法规或规章授权。法律与司法解释的规定不统一，司法解释的扩大解释一方面是出于应对实务中产生的问题，另一方面有扩大授权依据的考虑。
