(1)在初查中的运用。在初查中，查账成果的运用主要体现在二个方面：一是结合线索分析，确定初查的方向和重点。初查的时候，往往还只掌握一些粗略的线索，犯罪事实还未浮现出水面，初查的方向是什么，重点查什么，先查什么，后查什么，这些都很难清楚地确定，换言之，这是一个充满困惑的时候。积极运用查账成果，对确定初查的方向和重点有重要的意义。如多人举报某国有企业的出纳利用职权贪污公款数十万元，但没有指明具体的贪污事实，经调查，可以认定该出纳的家庭财产和支出十分明显超出其合法收入，有贪污的重大嫌疑，遂决定初查。经查询银行的流水往来记录，与企业的债务人核对账目，通过审计机关调取账册，发现数笔实际收到的应收账款却以坏账的形式注销，至此，初查的方向和重点明确，即应当紧紧围绕该出纳是否侵吞应收账款展开调查。二是拓展初查的范围。在查账的过程中，可能发现举报线索以外的犯罪事实，从而使初查的范围得以拓展。如多人举报某国有企业财务主管挪用公款，在对企业的银行存款和库存现金进行检查的过程中，发现收到购货单位汇款不入账予以侵吞的事实，决定拓展初查的范围，对该财务主管的贪污犯罪事实开展调查。
(2)在审讯突破阶段的运用。在审讯突破阶段的运用，主要是可以增加威慑力，瓦解嫌疑人的心理防线，获取有价值的口供。犯罪嫌疑人之所以拒不承认犯罪事实，主要原因就是犯罪嫌疑人认为检察机关难以掌握相关证据，只要自己拒不承认，检察机关就会束手无策，因此，如果检察机关能够在查账上取得成果，指出犯罪嫌疑人在具体账务上的舞弊行为，犯罪嫌疑人就会感到犯罪事实已被揭穿，产生恐慌心理，不得己承认犯罪事实。
值得注意的是，运用查账成果突破案件和审讯犯罪嫌疑人要注意适当的方法。一是以快制胜。在调取全部会计资料而被查对象已惊动的情况下，需要综合运用本文前述的方法快速审查，一旦掌握足以表明其存在贪污、挪用等部分疑点时，应快速进入案件突破阶段，而不必花较长时间面面俱到地查账。因为此时犯罪嫌疑人正处于惊慌失措的心理状况，对其审讯容易突破。如果查账时间过长，则被查对象容易形成牢固抗审心理防线，甚至实施伪造证据、串供等行为，给侦破案件带来不利。二是审讯中注意展示查账获取的证据的技巧。严格地讲，正面接触犯罪嫌疑人之前，查账工作再细致，办案人员所获得的信息也是不完整的。为促使犯罪嫌疑人全面交代问题，就要求在审讯时注意证据的运用方法。展示查账成果是敦促犯罪嫌疑人如实交代的辅助手段，不到万不得己，不要摊出全部查账底牌，否则很可能难以查清全部问题。
(3)侦查阶段的运用。在侦查阶段，除了上述的在审讯突破阶段方面发挥作用外，查账还可以在以下几个方面发挥作用：一是查账过程中收集的资料，如银行对账单、发票、会计账簿等，可以形成书证物证，作为指控犯罪的证据；二是协助司法会计，形成司法鉴定，在确定罪与非罪、此罪与彼罪方面有着重要的意义；三是在查账的过程中，可能发现其他犯罪线索，尤其是发现犯罪嫌疑人的其他犯罪行为、同案犯的犯罪行为、涉案单位的其他犯罪行为等，如某人涉嫌重复报销贪污公款，在查账过程中，发现除该嫌疑人的重复报销行为外，还有其他人也涉嫌重复报销，从而侦查的范围得以拓展，打击的力度得到加强。
