借鉴审计实务中的做法，结合检察工作实际，反贪查账中运用分析程序主要有二种方法：纵横向对比分析法和比率分析法。
1．纵横向对比分析法
所谓纵横向对比分析法是一种通过与企业历史数据或行业数据进行比较发现异常的方法。比如某企业2008年发生业务招待费2000万元，2007年为1200万元，比较二年的数据，可以发现2008年的业务招待费大幅度上升，上升幅度高达66.7%。实践表明，除非存在该企业的生产经营状况发生显着变化、严重的通货膨胀等合理原因，否则可以认为2008年的业务招待费是异常的，可能存在贪污等舞弊行为，应当加强对业务招待费账务的审查。
2．比率分析法
所谓比率分析法指一种通过计算比率并与计划或历史比率进行比较以发现异常的方法。比如某企业2008年产品的原材料成本占生产成本比重为70%, 2007年分别为45%,比较二年的比重，2008年原材料成本占生产成本比重大幅度上升，上升幅度高达30%。正常情况下，原材料占生产成本的比重应当保持稳定。如果不存在2008年的原材料价格显着上升等合理原因，可以认为2008年的原材料成本是异常的，可能存在收受贿赂高价采购原材料、贪污原材料等舞弊行为，应当加强对原材料成本账务的审查。
（三）函证程序
函证程序指为了验证会计账目以及有关信息的真实性和准确性，直接以发函方式获取第三方声明的程序。如通过内部控制评估以及线索分析，认为涉案单位的应收账款记录可能存在虚假记载，犯罪嫌疑人可能己经通过收到应收账款而不入账等方式侵吞应收账款，则可以通过向所有应收账款债务人发函，在函件中注明涉案单位记录的应收账款数额并要求债务人确认是否相符，以发现是否存在虚假记录和侵吞行为。
1．适用范围
在反贪查案中，主要在询问有关单位和个人存在困难的情况下运用函证程序，如应收账款多达几千笔且债务人分散于全国各地的时候，不可能一一询问债务人，只有函证方式具有现实可行性。在以下三种情况下，一般不宜运用函证程序：
一是可以通过审查会计资料发现的犯罪，不运用函证程序。相对于审查会计资料，函证的时间长、耗费大，因此，从经济和效率出发，可以通过审查会计资料发现的犯罪，一般不运用函证程序。如重复报销舞弊，可以通过审查会计记录和原始凭证发现，不需要运用函证程序。
二是可能影响案件侦破时，不运用函证程序。如果需要函证的项目，可能泄露案情、引起犯罪嫌疑人毁灭、伪造证据、串供等影响案件侦破时，不运用函证程序。如在初查阶段，需要在犯罪嫌疑人不知情的情况下秘密侦查，如果运用函证程序的话，可能引起犯罪嫌疑人警觉，实施毁灭、伪造证据、串供等反侦查行为，影响案件的侦破。
