刑事诉讼法对侦查终结、提起公诉和作出有罪判决均规定了“案件事实清楚，证据确实、充分”的证明标准。为准确适用这一标准，修正案草案建议进一步明确认定“证据确实、充分”的条件，即定罪量刑的事实都有证据证明，据以定案的证据均经法定程序查证属实，综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
2．完善非法证据排除制度。刑事诉讼法第43条对严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗等其他非法方法收集证据作了规定。为从制度上进一步遏制刑讯逼供和其他非法收集证据的行为，维护司法公正和诉讼参与人的合法权益，修正案草案建议在严禁刑讯逼供的规定后，增加不得强迫任何人证实自己有罪的规定；同时明确规定采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除；违反法律规定收集物证、书证，严重影响司法公正的，对该证据也予以排除；规定人民法院、人民检察院和公安机关都有排除非法证据的义务，并规定法庭审理过程中对非法证据排除的调查程序。
3．完善证人、鉴定人出庭制度。证人、鉴定人出庭作证对于查明案情、核实证据、正确判决具有重要意义。在司法实践中，证人、鉴定人应当出庭作证而不出庭的问题比较突出，影响审判的公正性。修正案草案建议明确证人出庭作证的范围，规定证人证言对案件定罪量刑有重大影响，公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人有异议的，或者人民法院认为有必要的，证人应当出庭作证。对于鉴定意见，只要公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人有异议，鉴定人就应当出庭作证。同时，规定强制出庭制度，证人、鉴定人没有正当理由不出庭作证的，人民法院可以强制其到庭，对于情节严重的，可处以十日以下的拘留。考虑到强制配偶、父母、子女在法庭上对被告人进行指证，不利于家庭关系的维系，因此，规定被告人的配偶、父母、子女除外。
4．完善证人保护制度。刑事诉讼法第49条规定，司法机关应当保障证人及其近亲属的安全。在实践中，对证人的保护，一方面可以通过对打击报复行为追究责任来实现，另一方面也需要有针对性地加强对一些严重犯罪案件中证人的保护力度。修正案草案建议增加规定，对于危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、黑社会性质的组织犯罪、毒品犯罪等案件的证人、被害人，可以根据案件需要，采取不公开真实姓名、住址和工作单位等个人信息，不暴露外貌、真实声音等出庭作证，对其人身和住宅进行专门保护等措施。
