经过一年讨论，司法改革委员会针对“司法院”是否定位为审判机关，提出三个改革方案：一元化多轨制（“司法院”最高审判机关化，下设各庭）、二元化双轨制（分设“宪法法院”及“最高法院”，不再有“司法院”）、一元化单轨制（“司法院”最高审判机关化，但是其下不设各庭），同时建议成立另一研究委员会继续研究评估，并限期于两年内作出决定。
2.1995年“司法院”定位委员会
“司法院”于前述司法改革委员会后即成立“司法院定位委员会”[14]，最后以记名投票的方式通过苏永钦教授所提“现制改良方案”[15]“：大法官会议宪法法庭化”“；最高法院”“、最高行法院”及公务员惩戒委员会均维持现状“；司法院”仍职掌司法行政权，强化司法保护、研究发展与行政监督之功能，裁判督导、法律问题研议事务完全交由审判体系自治，以常设之“司法院”会议为“司法院”决策组织。[16]照理，有关司法院定位的讨论应就此打住，但事实不然，民间司改团体仍然伺机翻案。
1997年5月间，时任“司法院”院长施启扬与法官协会“、律师公会全国联合会”、台北律师公会、财团法人民间司法改革基金会及台湾法学会等五个民间团体代表，为司法预算独立“入宪”案，与时任台湾地区领导人的李登辉见面，会谈中民间团体说明司法改革重要性，提出相关建言，并吁请召开司法改革会议。李登辉当场首肯召开司法改革会议，并指示“司法院”筹办。
3.1998年12月“司法院长”临时阵前换将
然而，司法改革会议的筹办并不顺利，民间司改团体坚持必须由李登辉亲自召集、主持“，司法院”不得主导会议“，司法院长”不得召开、主持会议，而“司法院”院长施启扬坚持应该由“司法院”召集，双方僵持不下。最后，1998年11月18日，由施启扬邀请“法务部”、法官协会、民间司改会、台湾法学会、台北律师公会“、律师公会全国联合会”会商，会中决定“司法院”“、法务部”及台湾法学会等五团体，将共同会衔请李登辉召开并主持司法改革会议，但是，因为当时“法务部长”城仲模于次日表示反对“，司法院”及“法务部”并未就此事正式上签李登辉。[17]施启扬于两周后即12月2日“与代表层峰的二位人员见面……了解‘上意’，立即答应辞去院长职务”[18]。
（二）翁岳生院长时代[19]：律师主导
1.1999年司法改革会议
1999年2月，翁岳生接掌“司法院”。司法改革会议于1999年7月6至8日召开，邀请审、检、辩、学者及各领域代表参加，以一元多轨为近程目标、一元单轨为远程目标作为“司法院组织定位”的结论，并且拟定分三阶段将司法院改革为审判机关：第一阶段于2003年10月5日将“最高法院”、“最高行政法院”及公务员惩戒委员会归并为内部单位。第二阶段于2007年12月31日将民事诉讼庭、刑事诉讼庭及行政诉讼及惩戒庭缩编为一庭。第三阶段于2010年12月31日达成大法官掌理诉讼审判权、“释宪权”及惩戒权的终极改革目标。
2.1999年12月至2002年8月之“司法院”定位推动小组
“司法院”于1999年12月12日以司法界人士为主组成“司法院定位推动小组”[20]，自同年月24日起至2002年8月23日止，陆续召开全体会议四十次，研讨、规划使“司法院”成为最高审判机关着手法律修正、组织架构调整及人员归并等事宜。其间，根据各委员的专长分为四个组，先后召开四十次分组会议，就与“司法院”定位改革相涉之法律，研拟初步的修正条文建议草案，再交由全体会议讨论。在此之间“，司法院”大法官会议接着在2001年10月5日作出第530号解释，支持上述司法改革会议的部分结论，亦即“司法院”应该改造为审判与司法行政合一之机关，但是大法官并未指明是单轨还是多轨。
经“司法院”定位推动小组将近三年的研讨“，司法院”于2002年8月28日向“立法院”提出“司法院组织法修正草案”“、司法院组织法施行法草案”“、法院组织法”、“司法人员人事条例”、“司法院大法官审理案件法”“、公务员惩戒法”等六个法案，但是历经第五、六届“立法委员”任期，均未通过立法。
