为适应审检分隶，1980年6月10日台湾修订“法院组织法”，主要修订第26、27、34、35、49、50、51、56、63、87条等规定，将各级检察机关配置于各级法院，以建立完整的检察体系。[7]1989年12月8日修订“法院组织法”，规定各级法院及分院配置“检察署”，将第一、二级检察机关首长更名为“检察长”，而将第三级“最高法院”检察署的首长更名为具有指挥意涵的“检察总长”。
1982年确立侦查中得选任辩护人制度（“刑事诉讼法”第27条以下）、辩护人得于检警讯问被告或犯罪嫌疑人时在场（“刑事诉讼法”第245条第2项），以避免发生刑囚。1991年，台湾终止“动员戡乱时期”，废止“动员戡乱时期临时条款”，军事机关不能再干涉一般民众的刑事案件。
（二）大法官会议司法审查权的确立
以往台湾警察权力很大（例如可不附理由就拘留人民七日），恶用当时“违警罚法”作为侦查犯罪的手段，刑讯逼供多有所闻。然而大法官会议相当温和，1980年大法官会议第166号解释暧昧地表示，“违警罚法”应迅速改依法定程序为之。然而政府机关毫无反应，迟至1990年大法官会议在第251号解释明白表示，“违警罚法”“违宪”，1991年废止“违警罚法”，改用“社会秩序维护法”取代警察机关过去依据“违警罚法”而享有如检察机关之刑事诉追权。自此之后，大法官会议挺身行使其司法审查权，积极保障基本人权。[8]
林洋港担任“司法院院长”时期（1987- 1994年），改革重点放在扩充司法能量，包括增员、加薪，并建立优遇制度加速汰换老迈法官、放宽律师录取率、大量启用治安法庭及简易庭。[9]
（三）“司法现代化”声明及法官自治运动
有组织、计划性的民间司法改革活动，包括1989年时由“国家政策研究中心”举办的改革研讨会1990年由台北市法友社与司法记者联谊会举办的改革研讨会等[10]，这一系列会议属于理论层面。真正大规模实践阶段的改革运动是由1992年时任“最高法院”庭长林永谋与“高等法院”庭长王振兴等14名庭长所发起的“司法现代化”声明，改变“司法院组织法”上“司法院”人事审议委员会结构，促成法官人事民主化。另在1993年时台中地方法院提起法官自治运动，并派出法官代表十人于“国民大会”集会期间提出“宪法”修正请愿案，主张法官自治、司法预算独立、大法官互选出司法院长等诉求，此三案皆列入正式议程，其中司法预算独立部分且经一读会通过，国民党所提之“修宪”案至二读包裹表决时被否决。
二、1994年以后的司法改革：建立相当独立但封闭的司法体系
（一）施启扬“院长”时代[11]：法官主导
1.1994年“司法改革委员会”
为响应各界殷切期盼，台湾地区前领导人李登辉于1994年7月30日提名施启扬出任“司法院长”，并指示其“拿出勇气推动司法改革”。[12]施院长于同年9月1日就职，并于就职当日召开司法改革委员会第一次预备会议，后续制订“司法院司法改革委员会设置要点”，规定“司改会”设主任委员一人，由“司法院长”担任，委员33人，由“司法院”副院长、资深大法官、秘书长“、最高行政法院”院长、行政法院院长、公务员惩戒委员会委员长、各级法院代表6人（“最高法院”、行政法院、公务员惩戒委员会1人，二审法院2人，一审法院3人，为此并订定“司法院司法改革委员会委员各级法院法官代表互选要点”）、律师4人、法务部代表2人、检察官代表3人、法学教授5人（台大、政大、中兴、东吴、辅仁各1人）、“国民大会”代表2人“、立法委员”3人、“监察委员”1人、社会人士1人担任。以一年为期，针对司法革新研提具体方案，逐步推动。[13]
