虽然我国《宪法》和《刑事诉讼法》中已经明确规定了人民法院和人民检察院依法独立行使审判权和检察权，但在现实中来自方方面面对司法机关的干预仍然很多，以言代法、以权压法等影响司法机关正常、合法办案的现象依然时有发生，使得宪法的规定无法得到真正落实。目前，我国检察机关职务犯罪侦查权缺乏独立性，主要表现在经费不独立、人事不独立和检察官身份不独立等方面[47]。为了实现检察机关职务犯罪侦查权的独立性，首先要深刻认识党对检察业务工作的领导关系，不断完善党对检察业务的领导方式。绝对不能片面强调“法律至上”、“司法独立”，必须坚持我国司法制度政治性、人民性和法律性的有机统一，毫不动摇地坚持党对司法工作的领导，确保党的路线、方针、政策在司法工作中得到不折不扣的贯彻落实[48]。具体措施包括经费独立、人事独立、检察官身份独立和案件独立等。汉密尔顿曾说过：“就人类天性之一般情况而言，对某人的生活有控制权，等于对其意志有控制权，在任何置司法人员的财源于立法等机关的不时施舍之下的制度中，司法权与其他权力的分立将永远无从实现。”[49] 因而在经费保障上，应改变检察机关的财政受制于行政机关特别是地方行政机关的现状，力争将检察机关所需经费纳入中央财政，再通过中央财政的转移支付来加以保障，通过这种途径，可以使检察机关摆脱地方行政权的干预，从而实现独立办案。在人事独立上，改革检察机关的人事任免制度，实现检察人员任免、职务升降等的垂直领导。在现有体制下，检察机关的人事任免权主要集中在地方的党政部门，检察官在任免、升迁和待遇等方面与一般的公务员并无不同。这就造成检察机关在职务犯罪侦查过程中畏首畏尾，对可影响自己前途和发展的官员的查处不能放开手脚。因此，应将检察官与公务员区分开来，检察机关工作人员的选任应该由检察机关决定，并且检察官一经任命，非因法定事由并经法定程序，不得免职、降职、辞退或处分，也不得调离检察官工作岗位。在案件独立上，实行垂直领导制度，检察官办理案件只对检察长负责，不受法院、公安或者检察机关其他人员或者部门的干涉。通过这些途径，实现检察机关的人事独立和身份独立，并进一步实现职务犯罪侦查权的独立。正如日本学者松尾浩也所指出的，每一个检察官都是“独任制官厅”，每个检察官都处于独立负责的地位。检察官中存在着检察官一体原则，这一原则实际上以检察官的独立性为前提，是对检察官独立性的统一[50]。
（二）职务犯罪侦查保障体制中的人员、装备和经费保障的优化配置
在人员保障上，一是要保障人员的素质，二是要保障人员的待遇。在侦查人员素质上，从事职务犯罪侦查的工作人员和一般的检察工作人员相比，在业务能力和业务素质上有不同的要求。除了具备过硬的政治素质和法学素养以外，前者还应该具备一定的侦查知识和侦查谋略。因此，从事职务犯罪侦查的人员应当在选任和在职培训等方面给予充分保障。在选任过程中要提高条件，扩大范围，选拔优秀的人才进入职务犯罪侦查人员的行列。要进一步提高任职条件的限制，要求担任此项职位的个人必须具有较高的法律素养和良好的品行。而人员待遇保障应该体现出国家对检察人员合法权利的确认并有利于促进他们忠于职守[51]。目前，从事职务犯罪侦查的人员待遇普遍偏低，影响了侦查人员的积极性和职务犯罪侦查权的有效运转。提高侦查人员的待遇，能够解除他们的后顾之忧和实际困难，从而以更大的热情去投入工作。要提供丰厚的物质条件和福利待遇一方面可以稳定队伍，提高现有检察官们抵御物质诱惑的能力，增强他们的独立性；另一方面也会吸引更多的法学“精英”来参加职务犯罪侦查人员的选任，从而促进和保障职务犯罪侦查人员的“精英化”。
在装备保障上，应考虑到从事职务犯罪侦查的人员工作上的特殊性，在装备上与检察机关的一般工作人员有所区别。同时，职务犯罪具有高智能性和隐蔽性等特点，这就要求侦查工作更多地使用高科技手段。这对侦查工作提出了新的挑战，过去侦查手段就是依靠“一支笔，一张嘴”，这显然已不能适应职务犯罪侦查的需要，运用新的科技手段势在必行。而装备的更新是运用科技手段的集中体现，为提高职务犯罪侦查工作的科技含量，应及时更新换代和维护侦查装备，为职务犯罪侦查工作新需要提供强有力的物质保障。在对装备的管理使用上，应对侦查装备统一调配使用，采取统一与分散相结合的管理方式，实现侦查手段现代化、先进化。此外，还应从节约资源的理念入手，做好上级院与下级院在装备管理使用上的统筹协调。
