权利质权理论所遇到的第一个困惑来自于司法实践。法官们突然发现，以债权证书的交付作为债权质权移转占有的规则难以自圆其说。按照传统民法的解释，债权证书的移转代表债权占有的移转，但是，如果当事人没有债权证书或者债权证书丢失了但有其它证据表明该债权的效力，那么此时的债权质权是否有效呢？对此，我国台湾地区的已有“判例”指出，无债权证书的债权在出质时，无须交付证书，立法上仍承认其效力（1985台上1212） 。这是因为，债权证书是用以证明债权存在的文件，它仅有证明债权存在的效力，与债权本身是形式与实质的关系，债权证书的灭失，并不必然表明债权本身的灭失。照此推断，在债权质权设定之时，即使无债权证书的交付仍然能够成立债权质权，此时不存在债权占有的移转问题，也就意味着以债权证书的移转作为债权占有移转的做法并不合乎逻辑。
权利质权理论所遇到的第二个困惑来自于知识产权质权理论上的争议。在知识产权领域，学者们对于知识产权质权的设定是否需要交付证书的问题长期以来总是争论不休。例如，史尚宽先生认为，专利权证书与债权证书不同，债权证书表示债权的存在，而专利权证书并非表示权利，理论上不应以证书的交付或移转占有等要物行为为必要。因此，德国专利法第6条认为专利权出质为不要式之行为。[5]对此，多数学者表示赞同，认为知识产权权利证书并非为流通证券，出质人向质权人交付知识产权证书，并无多少意义。[6]当然，也有学者认为，为了防止出质人在设定质押后擅自转让知识产权，应当要求出质人向质权人交付知识产权证书，如商标注册证、专利证书等。[7]实际上这些解释同意不能令人满意，因为专利权证书国家颁布的用以表明权利存在的一种证书，在证明功能上与债权证书并无二致，因此交付专利权证书与交付债权证书具有类似的功能，它的交付会对专利权人行使专利权造成一定的妨碍，但它在遗失后同样可以补办，因此是否交付专利权证书对质权的存在的确影响不大。所以，如果认为证书的移转就代表财产权的占有移转，不免牵强附会。特别是在以著作权中的财产权出质的场合，著作权人并无可供质押的权利证书，当然无交付的可能。另外，商标权在出质后，出质人即商标权人负有保全该权利的义务，仍应继续在商品或服务上使用其注册商标，否则将在一定期限后被撤销该注册商标，而商标注册证的持有又是行使该权利的必要条件，所以商标权即使在出质后也只能由商标权人持有权利证书，因此以证书的交付作为财产权移转占有的表征并不恰当。
