农村集体土地征收中存在的诸多问题，折射出目前我国的征地制度本身还亟待完善。在现行土地立法仍有所欠缺的情况下，司法救济作为公民权利保护的重要屏障，应当更为能动地发挥其应有的功能和作用，把加强对农村集体经济组织和农民利益的保护、监督土地征收权的正确行使、切实维护社会和谐稳定作为审理征地行政案件的指导思想，遵循以下几项基本原则。
（一）个案公正和社会公正的统一：充分协调原则
审理征地行政案件，首先应当强化个案公正与社会公正相统一的意识，寻找个案公正与社会公正的最佳结合点。在现行法律框架下，协调是实现这一目标的有效途径。首先，协调有助于实现合理补偿。现行的征地补偿制度本身就不尽合理，而通过协调，组织各方当事人充分协商，以合意的方式解决征地补偿问题，则有助于妥善解决个案争议，实现合理补偿；其次，协调有助于解决核心争议。相对人就征地行为提起的各类行政诉讼，其最终目标大都是为了获得满意的补偿。而司法裁判只能就被诉具体行政行为的合法性作出评判，并不一定能够满足当事人的实际诉求。协调则可以针对当事人的核心诉求展开协商，有助于直接解决核心争议；三是协调有助于走出司法困境。经过二十年的实践，现行行政诉讼制度的内在缺陷已经在很大程度上暴露出来。例如对合理性问题，法院无权干预；对以规范性文件形式出现的抽象行政行为，法院无权审查；对合法行政行为导致的利益．损失，法院不能判决补偿等等。这些不足直接导致了在征地行政案件中的司法困境，导致法院裁判的合法性与公正性并不必然吻合。协调同样是解决这一司法困境的有效方式。因此，在征地行政案件审理中，有必要坚持充分协调、协调优先，以切实解决失地农民的实际困难，尽可能地化解社会矛盾。
（二）程序公正和实体公正的抉择：实体优先原则
程序正义不仅是实体正义的保障，它还具有自身的独立价值，对于民主、法治和人权保障具有不可替代的重要意义。但在征地行政案件中，由于现行法律制度的诸多缺陷，使得相关行政程序性规范很不健全。一些当事人也抓住地方政府推进征地建设进程的迫切心理，通过寻找征地行为的程序问题，向被诉行政机关施加压力，以谋取实体利益。行政诉讼由此成为被征收人“以程序换实体”的平台。同时，《物权法》所确定的依法足额补偿、保障生活条件等基本精神，也迫切要求司法机关在处理这类案件时，通过诉讼协调或司法裁判在实体上予以落实。在此种情况下，征地行政案件的司法审查，应当坚持实体救济优先。在坚持依法维护当事人实体权益的前提下，兼顾对依法行政的监督，以充分利用有限的司法资源，切实维护当事人的合法权益。
