然而，台湾地区的台湾高铁以及高雄都会捷运等几项重大BOT 案，却屡屡爆发官商勾结弊案，公私协力制度遂遭受到政策妥适性之严重挑战，甚而蒙受“公私协力即为公私分赃”之讥。再者，因BOT 事件之公、私法属性未明亦引发之系争案件司法审判权归属争议；纵使行政法院认定BOT事件乃属公法争议而肯定自身享有审判权者，在专法规范密度稀疏与内涵不明确，以及总论性行政法规（尤其是行政程序法）尚未对公私协力新兴行政任务执行模式有所响应之双重法制瓶颈下，往往仅能从现有之行政法总论架构以及行政法之一般法律原则中，尝试寻求裁判上之立论依据。[21]
三、当前遭遇挑战（一）法律保留原则[22]松动有学者认为，“行政程序法”的特征是内外部效力区分，其理论基础与法律保留原则有关，法律保留背后为民主原则、法治国原则与基本权利保护原则，因此只要牵涉外部效力即需法律规定或授权。有学者主张，应透过程序导入或人民之程序参与缓和法律保留原则。[23]但是，法律保留原则在台湾法制中非常深化，如果没有更坚实的法理根据与配套制度，则不宜贸然以程序参与取代法律保留问题。[24]
还有学者认为，行政法对于民主正当性的理解是单一的，完全来自民意代表所组成的国会，因此依法行政、法律保留等原则最终都指向民意机关；但自2000年开始台湾地区已藉由直选的方式选举领导人，提供了行政权国会授权之外的民主正当性，行政法必须反映这种双元的正当性来源。[25]但有学者反对指出，法律保留原则之存在根据为民主原则、法治国原则与基本权利保护原则，二元民主理论只有民主正当性基础，缺乏法治国之制衡与人民基本权利保护的基础，无论如何增强民众参与程序，也只能补充而不能取代法律保留原则。[26]
（二）行政行为发生异变“行政程序法”实施10年以来，逐渐面临需要重新检视之处。比如行政处分原则上须行政机关对事实调查“终结”并作一法律上终局决定，也必须正视事实认定尚未终结、行政法律关系为终于确认之“暂时性行政处分”的存在；又如高污染设施采分阶段许可，因此“行政处分”也应包括此种分割成数个“部分许可”的类型，承认每一部份均为实质上独立的行政处分，均有外部效力。[27]另外，行政机关的意思表示虽有行使公权力之性质，但若被判定为契约之表意行为则不属行政处分之范畴。[28]
与行政处分相比，行政契约在台湾早期属于较陌生也较少为学者所研究的行政行为。[29]一契约是否属行政契约，以其发生公法上或私法上权利义务关系之变动为判断。但是在给付义务性质为中性时其界定就不容易，特别是金钱给付义务契约之性质，既非公法也非私法，而是所谓公私混合契约；此种型态的契约终止要包含一个公法义务即可成立行政契约，因而扩大行政契约的适用范围。此种特殊型态的契约是否允许、法上之定性及救济程序等，皆有待深入研究。[30]
“行政程序法”第150条为法规命令的规定，其最大特色在于需要法律授权。但“央法规标准法”第7条却仍保有“职权命令”的规定，职权命令“指的是”行政机关在职权范围内为执行法律，未经法律授权，而迳依职权制订颁布之命令“， 因”央法规标准法“未配合”行政程序法“同步修正，因此学界对于职权命令存废的争议仍然存在，[31]尤其行政部门更以实务上尚存大量职权命令，认其有保留之必要。[32]
”行政程序法“第159条则界定了”行政规则“原则上并无外部效力，但在裁量基准或判断馀地的行政规则，则例外发生外部效力；此种外部效力是直接或间接发生，学理上并不明确。有学者认为，风险决定领域可在一定条件下导入具有直接外部效力的”规范具体化行政规则“；[33]但这种具有直接效力的行政规则会不会与”一般处分“产生区别上的不易，而使得行政行为的类型更趋混乱，则有待观察。
