其次，直接修改型第三方软件侵犯了软件着作权人的复制权。复制权是着作权的核心，是软件着作权人一项重要的经济权利。在计算机软件领域，复制行为既包括对软件源程序代码的复制，也包括对软件目标程序代码的复制。《计算机软件保护条例》第16条规定：“软件的合法复制品所有人享有下列权利：（1）根据使用的需要把该软件装入计算机等具有信息处理能力的装置内；（2）为了防止复制品损坏而制作备份复制品。这些备份复制品不得通过任何方式提供给他人使用，并在所有人丧失该合法复制品的所有权时，负责将备份复制品销毁……”由此可见，软件的合法复制品所有人只有在安装、使用以及为防止复制品损坏而制作备份复制品的情形下才有权对软件进行复制。反观直接修改型第三方软件，其运行机理是将修改程序直接注入软件主程序，从而修改主程序的数据和代码来实现各种特定功能。因此，其修改源代码的过程从技术讲本身就是一个复制主程序软件的过程，因为其是直接在主程序软件源代码的基础上进行的修改，相当于是第三方将主程序软件修改后集成为符合其特定需要的其第三方软件。因此，第三方软件的复制主程序软件源代码的行为在法律上缺乏有效的依据，因而其修改后的第三方软件在经济权利上还侵犯了软件着作权人的复制权。
再次，直接修改型第三方软件侵犯了软件着作权人的信息网络传播权。《计算机软件保护条例》第8条第（7）项规定：“信息网络传播权，即以有线或者无线方式向公众提供软件，使公众可以在其个人选定的时间和地点获得软件的权利。”通俗地讲，信息网络传播权即将软件作品上传到网络并供他人下载使用的权利。事实上，信息网络传播权是由于信息技术的发展而从复制权派生出来的一种经济权利。法律赋予软件着作权人信息网络传播权以应对信息技术的飞跃发展而给着作权法带来的挑战。在美国，版权法是通过扩大复制权的范围来涵盖信息网络传播权的相应内容的，因为上传的行为本身就是一种特殊的复制。在直接修改型第三方软件中，软件本身是基于主程序软件源代码修改而成的，而作为第三方软件的制作者，通常又都会将软件上传到网络供他人下载，由此便进一步侵犯了主程序软件着作权人的信息网络传播权。
