对于宅基地使用权制度来说，判断其对土地资源的配置是否合理，是否具有效率，至少可以从以下三个方面来认识：第一，一种有效率的宅基地使用权制度，不应该否定或遏制宅基地使用权人对自身利益的追求，而应该引导权利主体的“逐利”行为。在城乡二元结构壁垒逐渐打破，城市化进程不断加快的现实背景下，众多的农民因选择进城而离开曾经赖以生存的农村，大量的房屋闲置却得不到有效地利用，而仍然禁止宅基地的自由流转势必有损这部分力求新生活的农民的利益。第二，一种有效率的宅基地使用权制度，权利人的权利与义务应该是明确而对称的，且权利义务配置是富有效率的。与同样作为财产权的国有土地使用权相比，宅基地使用权的权能是不完全的。农民在赋予了一定权利的同时，却不能对此权利进行市场化的处分，这不能不说是一种极大的效率损失。第三，一种有效率的宅基地使用权制度，应该为使用权人提供尽可能大的选择空间，使其可以依靠自己的理性进行自我决策，以寻求一切可能获益的机会。国家不能也无力充当所有宅基地使用权人的“家长”，假定作为使用权人的农民不能理性看待宅基地流转后可能失去“栖息之地”的后果。法律禁止宅基地自由流转事实上是替代了使用权人的决策，甚或可以说，没有给予使用权人决策的机会。
（三）功能困境：生存保障功能与生产要素功能的冲突
土地作为一种人类赖以生存的资源，从某种意义上来说，它对人类的生存保障是天然的，它不以任何制度安排为存在前提。毫无疑问，宅基地使用权制度所具有的生存保障功能就是来自于土地对人类的生存保障特性。
就当下的中国而言，宅基地使用权制度所具有的生存保障功能仍然凸显。在可预见的时期内，因历史原因形成的城乡二元经济社会结构仍将持续，其所造成的深层次矛盾将不断展现。在这样的现实国情下，以货币支付为主要方式的现代社会保障制度不可能覆盖全部社会成员，而只能是主要针对城市居民。广大农村居民能够享受到的社会保障不管是从种类上，还是从量上都不可避免地会与城市居民有所不同，农村居民无偿享有的宅基地使用权实质上就是一种最低限度的生存保障。正如有学者所言，“土地作为一种保障手段对穷人更重要，因为他们通常没有足够的收入去购买现金保险，也没有足够的人力资本从事其他非农工作。穷人拥有了一定数量的土地，至少可以为自己生产足够的食物。”{6}对于多数农民来说，他们没有足够的能力离开农村去城市永久居住，而无偿获得的宅基地至少可以使其很大程度上避免流离失所，基本上能够保障其“住”的基本权利。正基于此，国家在宅基地使用权的取得、行使及管理等制度设计中，都不可避免地要充分考虑宅基地的生存保障特性。
然而，土地除具有资源的属性之外，更具有财产属性。一般来说，土地可以被理解为是一种能够受人支配的，可给特定主体带来经济利益的财产。既然土地也是一种财产，那就意味着其可以被理解是一种生产要素。所谓生产要素就是指可以用于生产产品和提供服务的各种社会资源，它主要包括劳动力、土地、资本、技术、信息等内容，且这些内容随着时代的发展而不断更新。按照亚当·斯密在《国富论》中提出的生产要素理论，劳动力、土地及资本等要素可以通过市场这只“看不见的手”自动引导而变成财富。这也就是说，在一般意义上，必须通过要素市场来实现财富。对于经济社会发展而言，离开了市场流转的生产要素静态归属毫无意义。因为，生产要素必须在市场流转中方能实现其最优的生产产品或提供服务的价值。
