（二）缔结主体
粤港澳区际行政协议的缔结主体是三地政府机关及其职能部门，这里包括三个层次：一是粤港澳政府之间缔结协议。如2010年粤港政府签订的《粤港合作框架协议》等；二是粤港澳相关职能部门签订协议，如2004年广东科技厅与澳门科技委员会签署的《粤澳科技合作协议》等；三是广东各市与港澳以及广东各市其职能部门与港澳相关职能部门签署协议。如2004年香港律政司与深圳市司法局签署的《香港深圳法律服务合作协议书》等。
（三）缔结程序
《粤港（澳）合作框架协议》的缔结过程，可以大致包括以下几个步骤：1．高层会晤磋商。这一过程的特点是由行政首长进行会面磋商，另外，广东省委书记亦代表党组织也参与其中。2.召开行政首长联席会议，研究《粤港（澳）合作框架协议》工作。3．充分调研、听取民意制订框架协议。4．文本形成后，向中央政府请示。5．国务院批示与修改。国务院充分征求了国家发改委、国务院港澳办等多个部门的意见，组织力量进行修改完善。6．国务院审核同意。经粤港（澳）双方多次反复修改后，国务院正式审核同意《粤港（澳）合作框架协议》。7．行政首长代表行政区签署协议，协议即时生效。
（四）协议条款
归纳起来，目前区际行政协议主要包括以下条款：
1．标题条款。从目前粤澳政府签订的区际行政协议来看，[3]具体的协议名称还缺乏统一的规定：有的称为“协议”，有的称作“框架协议”，还有的称“协定”，还有的称之为“备忘录”，更有的称“安排”等等。本文所考察的《粤港（澳）合作框架协议》使用的协议名称是“框架协议”。
2．介绍性条款。协议第一章专门介绍了粤港（澳）合作的宗旨、发展定位、合作原则与主要目标等情况。如《粤港合作框架协议》指出“形成最具发展空间和增长潜力的世界级新经济区域”是粤港合作的宗旨目标，为此，应当坚持“优势互补、互利共赢、平等协商、重点突破、协调规划、合理对接、市场主导、政府推定”的原则开展各方面的合作与协调。
3．合作安排条款。从条款所涉范围来看，基本覆盖了三地经济与社会发展的各个领域，充分体现了区域一体化的诉求。归纳起来，它主要解决以下问题：(1)地区间经济协同发展，如产业协同发展、服务业和制造业科技创新等。(2)政府执法机构之间的协调与合作，如海关、商检、食品安全、质量认证、知识产权保护的部门协助。(3)“公共物品”的政府协商治理，如江河、水、大气等环境问题的治理，流动人口的管理，安全生产与应急管理等等。(4)基础设施、公共服务等社会公共事务的一体化，如城市规划、道路建设、工业设施的节约利用、养老保险、技术合作、法律事务合作和人才交流等等。但是，协议条款往往过于原则或抽象，条文中的权利义务逻辑结构不强，缺乏明晰的权利义务内容，从法理上说很难归类为法律规则。
