煽动民族仇恨、民族歧视的行为可以分为两种情况，一种是仅为破环现有的民族平等团结关系而实施，这种情况在当今民族分裂势力演化为恐怖组织的情形下已经不具有代表性，也没有刑法介入的必要性。另一种则是通过煽动民族仇恨或歧视，实施恐怖主义活动，从而达到分裂国家的目的，这种情形才是刑法应该重点打击的对象。虽然我们不能说该条无法囊括后一种情况，但是仅从字面含义而言，刑法第249条没有凸显对煽动民族歧视和仇恨，实施恐怖主义犯罪的规制作用。
2、不能体现犯罪行为的恐怖主义性质。在现在我国恐怖主义犯罪的形势下，绝大多数煽动民族仇恨和民族歧视的行为，只是实施其他恐怖犯罪的预备行为。比如“东突”分裂势力向学校渗透，严重侵蚀、影响教师和学生，向他们灌输分裂思想，用“东突厥斯坦”国家观、“泛突厥主义”的民族观、“泛伊斯兰主义”的宗教观煽动民族分裂和宗教狂热，试图把青少年引向歧途，充当他们制造暴乱事件的“马前卒”。其中少数人中毒很深，成了顽固的民族分裂主义分子或暴力恐怖分子。[38]如我们仅仅停留在煽动行为的表象，根据刑法第249条追究刑事责任，就割裂了煽动行为与恐怖活动的密切联系，无法在事前有效地控制恐怖活动犯罪。
我国没有制定专门的反恐立法，《刑法修正案（三）》将组织、领导、参加恐怖活动组织犯罪化，对具体的恐怖行为则分别按照刑法相关规定定罪处罚。如果既参加恐怖组织又实施具体恐怖行为，分别按照刑法相关规定数罪并罚。这就会产生一个问题：恐怖主义犯罪都具有政治目的，它侵害的法益是国家安全。而普通刑事犯罪侵害的是公民的人身权利、民主权利或者是公共安全。从本质上而言，恐怖活动犯罪是一种政治性犯罪，其侵犯的客体是以国家安全为主的复杂客体。如果将不同性质的犯罪，只是根据犯罪行为做相同的规定，就会造成在司法实践中对一些刑事案件不问性质、只依法条进行处理。这种做法虽然并不违背罪刑法定原则，却使刑法丧失了惩治恐怖主义犯罪的应有作用。[39]必须明确的是，恐怖活动危及的是国家政权乃自国际社会的稳定，具有普通犯罪难以企及的特殊危害性。基于恐怖主义目的实施的犯罪，足以改变犯罪的罪质，而不是仅仅对刑罚适用产生影响。
3、不能满足反恐国际协助的需要。“东突”的活动以及国际反恐经验昭示我们，“东突”问题不可能在我国境内得到彻底解决，而是一场涉及国际政治、经济、法律等多方面的战争。反恐必须联合世界各国的力量，以防控的国际化对付恐怖的国际化。当前联合国已经制定了13个有关反恐怖主义的国际公约，美国、英国、俄罗斯、澳大利亚等国也出台了专门的反恐怖主义法律。我国不仅没有专门的反恐立法，而且没有将恐怖主义犯罪和普通刑事犯罪进行区分，容易给国际社会造成一种我国不依法反恐的误解，势必影响我国的法制形象和国际反恐合作的效率。
煽动民族仇恨、民族歧视罪被设置在刑法第四章“侵犯公民人身权利、民主权利罪”中，一般认为该罪侵犯的是公民的民主权利，侵害的是民族平等、民族团结的社会主义民族关系。但是，如果行为人基于实施恐怖活动犯罪的目的煽动民族仇恨和歧视，在现有法律框架下，我们也只能根据该条追究其刑事责任。但是该罪名根本不能体现它的恐怖活动犯罪性质，如果行为人逃到国外，我们就难以利用反恐国际公约进行国际刑事司法协助。如果我国刑法存在更完备的专门罪名，以涉嫌“恐怖活动罪”对犯罪嫌疑人进行通缉，就有利于对在逃恐怖分子的抓捕和引渡，有利于对国外移民机构发出明确警示，避免恐怖分子以政治迫害为由申请政治避难。由此可见，我国刑法的罪名设置未能体现打击恐怖活动的特殊性，既不利于开展国际反恐合作，也不利于使我国反恐怖斗争得到国际社会的认同。[40]
