1.大肆发展民族分裂组织，强化组织结构和联系
20世纪80年代以后，中国开始实行改革开放，苏联解体和中亚各国独立，给“东突”分裂主义者卷土重来带来了机遇。原先各自为政的“东突”分裂组织提出了“统一组织、统一纲领、统一领袖、统一武装、统一行动”的目标，新疆有组织、有纲领的分裂政党和分裂团伙案急剧上升。1990年至2000年6月间，仅被我国政府打掉的就有503个。[4]1998年前后，是新疆分裂政党和团伙组织活动最猖獗的时期。据统计，当年全疆共破获分裂政党和团伙组织195个，比上年增加46个，涉案人员1194人。这些组织和团伙都有名称和组织纲领，如“东突伊斯兰运动”曾叫过“东突伊斯兰党”、“东突伊斯兰真主党”等名称，该组织是境内东突势力中最具危害性的一个，其宗旨是通过恐怖主义分裂中国，并在新疆建立“东突伊斯兰国”。
这些组织结构具有如下的特点：一是由漏网的暴力恐怖分子重新纠合而成，各组织和团伙往往相互交叉，形成网络；二是集盗窃、抢劫、习武、筹资、筹枪、制造爆炸装置为一体，大多具有实施暴力恐怖活动的倾向；三是有组织地进行分裂宣传活动，将“泰比力克”（私人非法聚集在一起自由讲经）活动和“圣战”教育融于其组织活动的各个环节之中；四是组织体系更加严密，有的采取抱经宣誓、酷刑考验等方式发展成员，组织成员之间大多单线联系，活动更加诡秘；五是进行暴力恐怖活动训练、制造爆炸装置及暴力恐怖器材的组织团伙不断增加。[5]1996年10月在和田，来自新疆十几个州（县）的分裂组织代表举行会议，宣布成立“伊斯兰真主党”，通过了党纲、组织建设等七项文件，“东突”分裂组织由分散走向联合。
2.加强与境外组织联系，活动呈现国际化
“东突”组织及其成员不仅强化内部组织结构，还与境外恐怖势力相联合，积极配合参与、策划实施了中亚、南亚、西亚地区和车臣地区和平与稳定的多起恐怖袭击事件，给当地人民的生命财产安全和局部地区的安全带来了巨大威胁。“东突”恐怖分子以此得到国外恐怖组织的资助，为其提供训练基地和避难所。境内外“东突”恐怖分裂分子为达到“境外指挥、境内行动，境外培训、境内破坏”的目的，已联成一体。经过分化组合，先后成立了“大突厥主义伊斯兰党”、“东突厥斯坦燎原党”、“东突厥斯坦人民革命党”等数十个反动政治组织。[6]同时，“东突”势力积极推行国际化战略，中亚地区“东突”分裂势力的总头目莫哈里索夫就曾公开表示：“要实现独立，没有国际的支持不行，没有西方的支持不行，仅有少数国家的支持也不行。要打‘国际牌’，使新疆问题国际化。”[7]近年来，“东突”分裂组织积极扩大在中亚、西亚等伊斯兰国家的政治影响和生存空间，淡化分裂活动的民族宗教色彩，将所谓民族宗教问题与人权问题挂钩，把分裂活动提升为“民族解放运动”，以争取西方大国的支持。如“世维会”头目热比娅，曾多次在美国国会进行游说活动，并在《华盛顿邮报》上撰文抹黑中国，用所谓的争取民主人权博取西方同情。西方敌对势力企图借我国分裂势力牵制我国的发展，为其提供财政、舆论支持和公开的议事和居住场所。
3.向恐怖势力蜕变
进入20世纪90年代，在极端主义、分裂主义和国际恐怖主义的影响下，境内外部分“东突”势力转向以恐怖暴力为主要手段的分裂破坏活动。一些“东突”组织公开宣扬要通过恐怖暴力手段达到分裂目的。在警方查获的“东突伊斯兰党”、“东突反对党”等组织的纲领中明确提出，要“走武装斗争道路”、“在人口集中的地区制造各种恐怖活动”。他们编印的小册子《我们的独立是否有希望》毫不掩饰地宣称要不惜代价在幼儿园、医院、学校等场所制造恐怖气氛。“东突”恐怖势力策划实施了一系列血腥的恐怖事件，留下了一篇篇血淋淋的记录。[8]
1997年，中亚地区的“东突”分裂组织召开会议，批判了艾沙的“和平斗争”主张。1999年12月，来自18个国家的40多个分裂组织代表在土耳其伊斯坦布尔召开会议，确立了暴力“建国”的方针，并就“武装夺取政权”达成共识。计划在十年内建立一支人数在万人以上的正规军队，在新疆地区实施恐怖战、游击战，甚至正规战。为此“东突”分裂组织派遣大批成员在阿富汗、车臣、克什米尔等地参加实战锻炼，并在中亚、西亚、阿富汗等地建立了20余个训练基地，训练骨干分子。哈萨克境内的“东突厥斯坦委员会”在阿拉木图召集近100名曾在原苏军服役的军官和士兵，策划组建武装部队，并在沙特维吾尔族商人的资助下，购买了700支手枪、200支冲锋枪、10多挺机关枪以及火箭筒等大批武器，企图偷运进新疆，支持“东突”分裂组织。“东突”分裂组织还疯狂叫嚣，“解放东突厥斯坦不能用和平方式，要靠武力解决”。有些分裂组织公然提出要在南疆山区进行“武装割据”，一些“东突”组织就在纲领中明确主张使用暴力。[9]“东突”由此完成了从分裂势力向恐怖势力的转变。
