欧盟委员会的决定部分，对欧盟委员会有权做出的各种决定做了规定。欧盟委员会可以做出存在违法的决定，可以做出要求有关企业终止违法的决定，可以要求企业采取行为救济或结构救济措施。与立法草案相比，正式条例对实施结构救济的条件规定得更严格，只有行为救济没有效或负担更重时才可以考虑结构救济。这一要求与合并控制中的救济形成了截然对比。在合并控制的救济中，结构救济是第一选择。此外，对于过去的违法措施，如果欧盟委员会认为有合法利益存在，也可以做出违法决定。为了制止严重的不能补救的竞争损害，欧盟委员会可以做出一定期限内采取临时措施的决定。在相关企业提供承诺、解决存在的竞争问题时，欧盟委员会可以做出决定，赋予这样的承诺以约束力，并宣布采取相关措施的理由消失。但当事实发生重大变化，相关企业违反承诺，或原先做出的决定基于当事人提供的不完整、不正确或误导性信息时，欧盟委员会可以重新开始程序。最后，欧盟委员会可以做出第81条和第82条不适用的决定，以此为统一适用欧共体竞争规则提供指导。
欧盟委员会与其他机构的合作，是实施条例的重要内容之一。它规定了密切合作的原则。欧盟委员会向各国竞争当局提供重要文件，各国当局发起正式调查后迅速通知欧盟委员会。各国当局在做出最终决定前，应通知欧盟委员会及其他国家当局。各国当局可以就欧共体法的适用问题与欧盟委员会磋商。欧盟委员会发起可以做出上述决定的程序，即解除了竞争当局适用第81条和第82条的管辖权；如果成员国当局已经就案件采取行动，欧盟委员会在与其磋商后可以发起程序。欧盟委员会和各国当局有权相互提供证据，交换信息。
一成员对某一申诉采取行动，足以中止其他成员就同一案件采取程序，或拒绝同一申诉。欧盟委员会也可以拒绝同一申诉。
欧盟咨询委员会是由各成员国代表组成的机构。欧盟委员会在做出相关决定之前，必须同该欧盟咨询委员会磋商。欧盟委员会应最大限度地考虑欧盟咨询委员会的意见。但欧盟咨询委员会不能就成员国当局处理的案件提供咨询意见。
成员国法院在适用第81条和第82条时，可以请求欧盟委员会提供相关信息，或就欧共体竞争规则的适用问题寻求欧盟委员会的意见。成员国法院做出判决后，应立即向欧盟委员会提交判决副本。成员国竞争当局可以向法院提出书面或口头意见。欧盟委员会也可以法庭之友的方式向成员国法院提供自己的意见。
欧盟委员会与其他机构密切合作的目的之一，是保证欧共体竞争规则的统一适用。条例要求成员国法院判决、当局裁定，避免与欧盟委员会决定相冲突。
从第17号条例确立的事前控制转变到新条例的事后控制制度，欧盟委员会处理通知的负担小了，但调查的责任重了，相应地欧盟委员会的调查权力也增强了。新条例增加了寻求法院令的规定，增加了搜查权，提高了罚款数额。欧盟委员会可以对特定经济部门或跨部门的特定类型协议进行调查，发布调查报告。欧盟委员会可以要求相关企业提供必要信息，相关人员应按要求提供信息。如果当事人没有按要求提供信息，会受到罚款的处罚。应欧盟委员会的要求，成员国政府和竞争当局应向欧盟委员会提供欧盟委员会履行本条例所必要的信息。欧盟委员会可以与相关人士进行面谈，搜集信息。为了履行职责，欧盟委员会可以对企业进行所有必要的搜查，包括实地调查、检查账目和记录并制作副本、查封、要求相关企业的代表或成员提供解释等。条例还规定，如果存在合理怀疑，欧盟委员会可以对董事、管理人员和其他成员的家庭等地点进行搜查。成员国竞争当局可以根据国内法进行搜查，或代表欧盟委员会或受其他成员当局委托进行调查。
事后控制必然意味着事后的制裁。草案认为，第17号条例中规定的罚款数额太低，不再具有任何阻却性效果，因此建议提高罚款额。正式条例采纳了这一建议。对于一般程序性罚款，可处高达经营额1％的罚款。对于故意或重大过失违反第81条和第82条的规定、违反欧盟委员会采取临时措施的决定或不履行做出的承诺的，可处最高达经营额10％的罚款。当欧盟委员会根据企业联合会成员的经营额对该联合会罚款时，该联合会有义务要求成员分摊该罚款；在规定的期限内没有分摊时，欧盟委员会可以直接要求其代表在联合会内是决策成员的任何企业交付，要求其他成员支付剩余数额，但没有参与违法行为的企业不承担该罚款。
