采取直接适用例外制度和事后控制，有助于应对今后竞争政策所面临的挑战。根据这一制度，被授予必要权力的行政当局或法院，可以对限制性做法进行全面的评估，既根据第81条第1款审查其限制性效果，也根据第3款审查其经济利益。该制度取消第17号条例赋予欧盟委员会适用第3款的排他权力，促进竞争规则的分散适用。该制度也消除通知对企业的纯行政性限制，因为满足第81条第3款的做法，已不再要求豁免赋予其法律上的执行力。根据这一制度，第81条的适用，与第82条类似，欧盟委员会、国内当局和法院可以平行、共同适用。
2000年9月7日，欧盟委员会提出了第81条和第82条的实施条例的立法建议。该建议主要是根据白皮书及后来的反馈意见。该建议所确立的制度的特点是：更有效地保护竞争，更多的执法者参与执法，调整欧盟委员会的行动重点，增加欧盟委员会的调查权力；为公司的商业活动提供更公平的机会，包括竞争法的更多适用，欧共体竞争法的统一实施；提供更大程度的法律确定性，降低纯行政性要求。[4]2002年12月16日欧盟理事会通过了第1／2003号条例，《欧共体条约第81条和第82条的实施条例》。该条例废除了第17号条例和第141号条例，并对其他相关条例做出了修改。
欧盟委员会提出的立法方案包括十一部分。第一部分是原则，第二部分是权力，第三部分是欧盟委员会的决定，第四部分是与成员国竞争当局和法院的合作，第五部分是调查权，第六部分是罚则，第七部分是时效，第八部分是听证和保密，第九部分为豁免条例，第十部分为一般性规定，第十一部分为过渡性条款和最后条款。就具体规则而言，立法建议包括了下述内容：竞争规则的直接适用；欧共体竞争规则的排他适用；欧盟委员会的权力，包括通过条例规定必须登记的协议类型的权力；成员国竞争当局的权力；成员国法院的权力；违法的认定和终止，包括实施结构性救济；临时措施；欧盟委员会基于企业的承诺做出终止程序的决定；第81条和第82条不适用的裁定；欧盟委员会与竞争当局的合作；信息交流；程序的中止或终止；欧盟咨询委员会；与国内法院合作；欧共体竞争法的统一适用；调查权力；对部门经济的调查；寻求信息；谈话调查的权力；欧盟委员会的检查权；成员国当局的调查；罚款；时效；听证和保密；豁免条例；一般性规定；过渡性及最后条款。理事会最终通过的实施条例，在结构上与立法草案没有区别，但在具体内容的某些方面，做出了重大变更。
实施条例第1条开宗明义地规定了欧共体条约第81条和第82条的直接适用性。属于第81条第1款的范围同时又不符合第3款规定的条件的协议等，属直接禁止之列；属于第81条第1款的范围但符合第3款的条件的协议，不被禁止。滥用支配地位，为第82条所禁止。上述效果都无需另外做出决定来实现。该规定表明，第81条第3款中所包含的例外规定直接适用。它废除了原第17号条例所确立的仅由欧盟委员会认定是否满足例外的要求。欧盟委员会的立法建议中，该条直接使用了“直接适用性”这一名称，正式实施条例虽然使用了“条约第81条和第82条的适用”这一名称，但没有本质的变化。
关于国内竞争法与第81条和第82条的关系问题，草案建议第81条和第82条排他性适用。在影响成员国之间的贸易的范围内，适用欧共体的竞争规则，不适用成员国的竞争法。新条例没有采取这一建议，对这一建议做了重大修改，规定国内竞争法与欧共体竞争法共同适用，但国内法的适用不得导致禁止不属于第81条第1款范围的限制、符合第81条第3款条件或者为适用第81条第3款的豁免条例所包括的协议。该条例不禁止成员对企业采取的单方行为采取更严格的国内法。第81条涉及限制竞争协议的内容。因此，当成员适用国内合并控制法时，上述规定不适用；上述规定也不阻止成员国适用国内法实现第81条和第82条的目标之外的目标。
权力这一部分，规定了欧盟委员会、国内竞争当局和国内法院各自的权力。欧盟委员会享有条例所赋予的一切权力。草案中原规定了欧盟委员会通过条例认定需要登记的协议的权力，但这一内容在正式条例中被删除，从而拒绝赋予欧盟委员会这样的权力，这也更突出了第81条和第82条的直接适用性。各成员竞争当局有权在个案中适用第81条和第82条，各成员国法院有权适用这两条。
