应当指出，尽管恢复性司法已经成为当今世界的一种潮流，但也有许多学者对于这种新的案件解决方式提出了种种非议。
首先，恢复性司法混淆了刑事诉讼与民事诉讼的区别。恢复性司法主张犯罪侵害的是个人利益，而非国家和社会公共利益，对犯罪的处理应该由被害人和犯罪人协商解决，这等于混淆了民事侵权行为与犯罪的本质区别。用解决民事纠纷的方式来处理刑事案件，是不恰当的。其次，恢复性司法自身具有的特点使其缺少相应的程序保障。由于恢复性司法强调非正式的、以协调和对话为基础的程序解决犯罪问题的重要性，这就使它的批评者们担心：恢复性司法缺乏对正当程序原则的关注，因而会不可避免地给犯罪人的程序权利和实体利益造成损害。恢复性司法程序中根本没有证明的概念，而是假定只要犯罪人承认自己是行为的实施者，接下来的问题就不是证明，而是如何确定犯罪人的刑事责任的问题。这无疑是对无罪推定原则的公然违背，在被告人缺乏经验而社区力量又相当强大时，极有可能导致被告人因恐惧而被迫承认自己是犯罪人。另外，也会有被告人因为担心在正式的刑事审判中被误判而违心地认罪。同时，恢复性司法实践一直将律师视为妨碍达成和解协议的因素，而不欢迎律师在恢复性司法程序中出现并承担保护当事人合法利益不受侵害的作用，也导致了在恢复性程序中缺乏对犯罪人权利进行有效保护的机制。
再次，恢复性司法存在着损害被害人利益的可能性。尽管恢复性司法的最重要的目标之一，就是要改变被害人在正规刑事司法中边缘化的地位。在恢复性司法中，不但犯罪人承担的责任形式是以补偿被害人的损失为目的，而且，被害人还被赋予决定犯罪人的责任形式的权利。另外，受恢复性司法理念的影响，美、英、加拿大等国的刑事司法机关在决定是否对犯罪人判处缓刑及是否对犯罪人进行假释时也往往要征求被害人的意见，在一些地方，甚至还赋予了被害人最终决定是否给予犯罪人缓刑、假释的权利。但是，许多被害人组织对恢复性司法至今仍然持非常谨慎的态度，他们担心恢复性司法对社区主导刑事司法的强调会导致国家打击犯罪无力，从而使被害人利益更加无法保障。而在恢复性司法程序中，被害人也往往会面临必须原谅犯罪人，否则就会面临被视为没有爱心，报复性强的压力。赋予被害人以是否同意给犯罪人减刑、假释的权利，又会使被害人面临来自犯罪人的威胁和收买的危险。
最后，恢复性司法也存在着损害犯罪人利益的可能性。尽管恢复性司法反对监禁刑，并主张以赔偿、道歉和社区服务代替惩罚性的刑事责任方式，但它的批评者们认为，恢复性司法的责任形式和运作方式中包含着导致加重犯罪人的刑事责任的重大危险。更多的犯罪人是为了避免被关进监狱才选择了恢复性司法程序，由于有正规刑事司法系统做后盾，所以，恢复性司法“以自愿为前提”的特征，不过是表面现象。事实上，正因为有了恢复性程序，而不断增长的办案压力又使得正规刑事司法系统寄希望于通过恢复性司法减轻自己的办案负担，所以，凡是不愿“自愿”选择恢复性方式的犯罪人，都面临着在后来的正规司法程序中被从重处罚的压力，从而不得不“自愿”地选择进入恢复性程序。[23]
综上，正因为恢复性司法存在上述缺陷，加之世界不同国家、地区法律文化及司法体制的差异，故此，尽管当今许多国家、地区都在进行试验，特别是在2000年4月第十届联合国预防犯罪与罪犯待遇大会的有关决议中，将恢复性司法作为一种有效的刑事政策向各成员国推广，但恢复性司法仍然受到不少非难，尚不能成为解决刑事事件的主流方式。
