由于各级行政法院、普通法院在个案审理中均可以审查行政命令，并可以拒绝适用违法、违宪的行政命令，必然影响行政命令的权威性和安定性。为了维护法律规范之间的位阶秩序，这时候，行政命令的发布机关若对法院的拒绝适用有异议，完全可以依法提请“司法院”裁决，因为“宪法”第78条和“司法院组织法”第3条所规定的“司法院统一解释法律及法令”正是当法院与政府之间对于适用行政命令出现了矛盾时才由“司法院统一解释”。也就是说，“宪法”和“法律”所规定的“统一解释”并非是由“司法院”垄断行政命令的审查，而是当行政机关和法院对命令是否违法产生异议时的统一解释。可见，台湾地区也是遵循德国的理论向前发展，行政命令违反“法律”是法律争议，法院作为解决法律争议的机关可以审查行政命令；行政命令违反“宪法”按理说应当属于宪法问题由“司法院”解决，但台湾地区的普通法院和行政法院却可以审查违宪的行政命令，对于违宪的行政命令可以迳行弃之不用，也将行政命令违反“宪法”的问题视为法律争议。而只有当行政机关对法院拒绝适用行政命令的行为表示异议时，才构成行政权与司法权的争议，这种争议才属于宪法争议，由专门解释宪法的“司法院”来解决。
虽然一般法院与“司法院大法官会议”均拥有行政命令的违法、违宪审查权，但两者的审查方式和效力有所不同：（1）审查方式不同。普通法院、行政法院均采用具体的审查方式，即必须以存在具体的诉讼案件为前提，没有具体案件启动，普通法院、行政法院不能审查行政命令；而“司法院大法官会议”则不以具体诉讼案件为启动条件，而是直接就命令是否违法、违宪进行审查。（2）审查效果不同。普通法院、行政法院的审查，其效力仅对诉讼当事人具有约束力，对其他人不具有约束力，因而，违法的命令继续存在，不因法院认为其违法、违宪而受到任何影响。而“司法院大法官会议”的审查却有普遍的约束力，在其认为命令抵触法律时，可以宣布该命令无效，而使其失去效力。即“司法院大法官会议”宣告无效的效力具有普遍性，对所有机关及所有人均发生约束力，因此，“司法院大法官会议”的审查具有废止该项命令的后果。但对于“立法院”通过的、由“总统”公布的法律，其他法院则不具有违宪审查权，在个案审理中，若发现法律有违宪异议时，审理案件的法院必须中止案件审理，提请“司法院大法官会议”进行裁判。
三、台湾地区行政命令违法审查的借鉴价值
现代社会，行政机关的行政命令权有其产生的历史和社会原因，它是政府职能扩张、由消极转向积极的结果。然而，这一权力如果不受法律制约，必然造成滥用，进而违背权力分立的原则，侵犯人们的权利。为此，建立行之有效的规范审查制度便成为确保这一权力不被滥用的基本手段。健全的规范审查制度涉及两个方面的制度建构：一是法律规范之问的界限明确，也即哪些属于法律调整的事项，哪些属于行政命令调整的事项必须有明确的界限。二是建立和完善违法行政命令的审查制度，使行政命令的制定和发布在“事前”、“事中”、“事后”均有违法审查的机制。台湾地区在上述两个方面均取得了明显的进展，随着“行政程序法”的制定和实施，开始厘清行政命令与法律之间的关系，并建立了行政命令的违法审查机制，这对大陆具有重要的借鉴意义。
