从两岸共同打击犯罪的需求来看，迅速、及时地取得证据是有效惩治犯罪的重要保障，同时两岸的刑事司法程序均有严格的期限要求，须确保不因司法互助而逾越。从司法正义性角度来看，一方面迟来的正义非正义，效率对维护受害人权益、伸张社会正义具有重要价值，另一方面就犯罪嫌疑人、被告人的权益保障而言，也应当尽力避免人身自由的限制受到无谓的延宕。从司法成本耗费来看，应尽可能及时、简便的开展司法互助，减少成本，尽量节约双方的司法资源。基于这种考虑，两岸司法机关应当就协助的各个细节作出必要的协商和安排，并在相互尊重法律传统的基础上作出必要的让步，在法律允许的限度内进行必要的变通，以保证司法协助的具体实施和高效进行。
二、目前刑事调查取证合作中存在的主要问题
（一）两岸司法互助联系主体的高层次性导致调查取证效率不高
依《南京协议》第3条对联系主体之规定，即“本协议议定事项，由各方主管部门指定之联络人联系实施。必要时，经双方同意得指定其它单位进行联系。本协议其它相关事宜，由海峡两岸关系协会与财团法人海峡交流基金会联系”。除有关协议本身之事宜及文本之争议或变更由签约主体联系外。具体议定事项的执行主体上，台湾地区方面已经确定由法务部门担任两岸联系“窗口”，大陆方面最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部分别代表本系统，与台湾地区法务部门建立“窗口”联系。而由于联系主体层次较高，导致现有的司法互助程序过于繁琐，中间环节太多。以检察机关的联系“窗口”为例，大陆有四级检察院，台湾地区是三级检察署、加上“法务部”，如果每个司法互助的案件，都要按这些程序来个公文旅行，层层转递，一个来回就得一至两个月，可谓是缓不济急。尤其在刑事调查取证方面，因取证时机短促或审查期限不及等问题，导致协助调查取证无果，或第一审级检察机关怠于提出司法互助申请，影响了案件最终的公正处理。
（二）两岸司法职权配置的差异导致调查取证合作渠道复杂
如前文所述，台湾地区方面基于对外提供司法互助之惯例及机关属性职掌考虑，由法务部门作为联系主管部门并指定特定人员担任联络人。大陆则分别通过四个不同的专门渠道与台湾地区“法务部”进行联系沟通。具体到刑事调查取证之职权，台湾地区之检察官是唯一的侦查主体，至于警察、调查、海巡、宪兵等各体系之司法警察，均系侦查辅助机关，检察官可以自行侦办或指挥监督司法警察侦办所有类型之刑事犯罪；大陆检察机关只侦办贪污贿赂犯罪和国家工作人员的渎职犯罪等案件，至于其它刑事犯罪之侦查，乃公安机关之权责，大陆公安机关与检察机关同系侦查主体，超过台湾地区司法警察之职能{2}。再由强制性侦查的职权视之，如搜查等，台湾地区系由检察官向法院声请或司法警察经检察官许可后向法院声请，大陆公安机关与检察机关依侦办案件范围均可直接决定搜查。因此，在刑事调查取证方面，依案件类型、诉讼程序阶段以及调查取证类型不同，相应对口联系渠道也不同。
