除上述特殊的公司纠纷类型外，目前司法实践中还存在以下矛盾较为突出的两类纠纷类型，需要适用特殊程序制度。
第一，申请人民法院拍卖变卖抵押财产纠纷。物权法第一百九十五条第二款规定了抵押权人与抵押人未就抵押权实现方式达成协议的，抵押权人可以请求人民法院拍卖、变卖抵押财产。这一规定旨在简化抵押权实现程序，使得对抵押权本身及担保的主债权数额等问题不存在争议，仅仅对抵押权实现方式不能达成一致的当事人可以通过较为简便的程序以实现抵押权，从而降低抵押权的实现成本，提高抵押权的实现效率。然而，在司法实践过程中，同样也产生了实体法上赋予的权利缺乏程序回应的难题，
第二，申请人民法院拍卖建设工程纠纷。合同法第二百八十六条规定了建设工程款优先受偿权，旨在解决现实中的工程款拖欠问题，最高人民法院发布的《关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》，对承包人建设工程款优先受偿权在司法实践中的一些争议问题作了明确规定。但建设工程款优先受偿权的实现程序，特别是承包人申请人民法院拍卖建设工程应适用何种程序在我国民事诉讼法及相关司法解释中都没有规定，使得承包人建设工程款优先受偿权的实现存在程序上的障碍。
设立特殊程序的必要性
司法实践表明，上述纠纷具有鲜明的非讼事件的特点，一概适用诉讼案件的一般审理程序和审理原则影响了纠纷解决的效果，与商事主体追求经济效率的目标相去甚远。如股东知情权实现纠纷案件，股东和公司对于股东具有知情权不存在争议，股东是要求法院保障其知情权的实现，其诉讼目的要求迅速裁决。再如请求公司清算案件，申请人并不是要求法院审理其与公司或者公司清算义务人之间的实体权利义务争议，而只是要求法院指定成立清算组清算公司。而且，因为公司清算不仅涉及申请人的利益，还可能涉及其他不特定相对人的利益，所以这一案件又具有公益性。同时，因为公司不及时清算会造成公司财产流失，对外关系长期不确定，既损害债权人、股东和其他利害关系人的利益，又危害交易秩序，所以案件需要迅速裁决。如果采用普通诉讼程序审理此类案件，经过一审、二审甚至再审程序后，即使申请人行使权利的主张得到法院判决的支持，也可能造成其权利行使已经不具有实际意义的后果。
目前除了公司法中规定无记名股票的复权适用公示催告程序之外，并没有审理商事纠纷案件的特殊程序规定。特殊程序的缺失导致在审判实践中都以普通的民事诉讼程序审理这些特殊纠纷案件，形成程序错位。程序缺失和程序错位在审判实践中造成的后果不容忽视。特殊商事纠纷案件审理迫切需要引入特殊程序制度。
