其次，尽管个案监督在某些情况下对个案的最终公正解决有一定的作用，但是它对司法带来的负面作用大于积极意义。尤其是对个案的指定纠正，在实践中已经成为对法院审判的直接干预，人大事实上已经开始直接取代司法机关本身的职权，或者将司法机关视为手下的工具，要求其按照自己预定的结果进行裁判，或者超越司法程序，为某些当事人直接谋求结果的“公正”[14]。这种做法延续了我国政治传统中权力行使不受制约的惯习，说明一些权力机关不能正确理解现代司法的功能和原理，亦不懂得一旦破坏了司法的权威和独立可能导致的后果。由非司法官在法律程序之外处理司法实务、处理案件，是对审判独立的最大破坏，从表面上看，“说理告状找人大”似乎提高了人大的威望，但却可能从根本上破坏国家权力配置的合理格局和权力制约的体制。如果人大及其常委会成为可以任意超越法律程序之上的不受限制的权力，就会破坏宪法确立的独立审判的基本原则，不仅会将司法机关的功能及其权威毁坏殆尽，而且必将破坏法治原则和精神。权衡利弊，个案监督利大于弊，潜在的危害远远大于所获得的“实效”，从现代法治发展的前景看，以这种方式解决司法腐败和司法公正的问题无异于饮鸩止渴[15]。
第三，从个案的调查处理入手查处司法人员的渎职行为，虽具有可行性，但并不能真正达到追究司法人员责任的目的。人大对司法人员及其行为的监督本应该是其监督工作的重点，但仅关注案件的结果，并不能达到抵制、追究司法腐败的作用，因为从个案裁判结果中并不能顺理成章地作出对司法行为正当与否的推断。司法公正具有相对性，尤其是民事诉讼的裁判结果，诸如法官自由裁量权的应用、法律规则的不确定性、对于法律的不同解释适用、证据和法律事实的相对性以及败诉当事人的评价等等，都可能导致对裁判正当性、公正性的质疑。而这并不意味着该裁判必然是错误的、或者该错误必然是由司法人员不当行为导致的。而司法人员的行为准则及其责任则应是确定的，即使某些不当行为并未导致错误的裁判，也必须对行为人作出责任追究。司法责任本质上是一种行为责任，而不是结果责任。一个渎职的法官在吃了原告吃被告之后，很可能基于自己的利益权衡和风险底线作出一个“公正”的裁判，而法官的违法行为责任并不必然导致推翻该裁判。裁判的失当，尤其是那些技术上的错误，如果并不是司法人员的违法失当行为导致的，通常可以通过审级程序加以纠正，而不应导致对个人责任的追究。但是，法官行为失当则是世界各国公认的使裁判重新启动的法定事由之一。个案监督以案件结果推定司法人员过错行为的思路，不仅难以达到监督的目的，而且会本末倒置[16]。
第四，个案监督的不当利用，使地方人大更为经常地介入司法活动，不仅会影响独立审判，而且会使司法机关进一步地方化，听命于本地方的利益，不利于司法统一。由于个案监督的案件很多属于该地方社会共同关注的、涉及地方利益的重大案件，一些裁判结果尽管不存在司法程序和法律适用上的错误，仍然可能由于涉及地方利益和社会稳定而遭到当地各种力量和舆论的非议和干预。在这些因素的影响下，司法机关即使对某些裁判作出了纠正、这些纠正的结果即使在当地获得了较好的评价或反响，也并不意味着这些改正是符合法律的正确适用结果。这与一般意义上的民众和民意的评价并不是同等的概念，容易导致司法裁判地方化的后果，更加剧了法院地方化的弊端。
鉴于个案监督制度存在着许多无法克服的问题和弊病，其发展理应终止。但是，这并不意味着应取消人大对司法机关的监督和制约，恰恰相反，只有合理设计人大对司法机关监督的具体制度、程序和方式，才能保证其正确行使监督权并不断加强应有的功能。针对我国司法实践的问题，应从以下几个方面入手：
