第三，体制性非正当撤诉。我国的审判体制正处于由强职权模式向以当事人为主导的诉讼模式转换的过程中，其间个别程序制度的运作必然受到影响，撤诉虽是一微观程序事项也概莫能外，呈现出一定程度的混乱状态，一方面非正当撤诉有了生存空间，另一方面某些无法确定其正当性的撤诉也混入其中。例如，法院受理案件后发现被告不适格，在法院机械贯彻现行《民事诉讼法》规定而不予更换当事人情况下，或者驳回原告起诉，或者让原告撤诉。在强职权模式下，法院以减半收取诉讼费为诱导以被告不适格为理由劝导当事人不失其正当性，而在当事人主导型诉讼模式下，法院只应适当行使阐明权，是否撤诉由原告自行决定。再如，我国《民事诉讼法》从强职权的角度出发规定了起诉的条件，使起诉与受理行为相加才能启动诉讼程序。由此原告在起诉之后法院受理之前撤回起诉的，因诉讼尚未成立，也就谈不上撤回起诉的问题。但是，如果像当事人主义诉讼模式那样采用起诉登记制，诉讼的启动由当事人决定，法院并不以实体权利作为判断原告起诉权的标准，在这个意义上，原告对民事诉讼的终结具有决定权。那么原告起诉后再撤回起诉就是正当的。另外，当原告的起诉不符合起诉条件而法院于受理之后才发现的，法院一般要驳回起诉，但是否允许当事人撤诉呢？实践中当事人考虑到减半收费问题当然倾向于撤诉。但从理论上看，原告的起诉因不符合起诉条件，诉根本就不成立，谈何撤诉呢？若是采取起诉登记制，情况就会不同，诉因当事人起诉而成立，法院是否有义务对该诉作出判决属于诉讼要件，并影响诉的成立，因此，即使当事人的起诉不属法院主管管辖、或者当事人不适格、或者没有诉的利益，都只决定是否有义务作出判决，而不影响诉的成立和诉的撤回。
第四，民事撤诉的学理研究不够深入细致，对与撤诉相关的法律概念没有进行梳理、归纳，适用撤诉事件的范围尚未完全厘清，这导致一些不应以撤诉结案的情况却以撤诉途径终结诉讼，这也是非正当撤诉的一个来源。以下三个例子就非常典型：(1)法律概念的模糊导致司法实践中的程序误用。在我国民事诉讼中诉讼和解和撤诉在适用中界限模糊，因诉讼和解形成独立的制度，往往与撤诉制度捆绑适用，和解在某种程度上就意味着撤诉。“先和解、后撤诉”、“和解越多、撤诉越多”是我国民事审判的一个结案特色，较高的和解率相应地拉高了撤诉率。(2)举证时限滋生的非正当撤诉。在一个实施证据交换的案件中，当事人在举证时限届满之前不能取得有力证据，或者经过证据交换后针对对方的有力证据需要更多时日调取相反证据进行反驳时，原告往往选择撤诉作为“以退为进”的手段。根据最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第34条，证据交换之日举证期限届满。原告尽管可以在最后一次证据交换之日提交证据而不过举证时限，但有时重要证据的调取需花费较长时间，在最后一次证据交换之日无法完成，为避免不利诉讼后果，原告很可能选择撤诉，然后调查取证，日后再行起诉。这种做法对极有可能在本次诉讼中胜诉的被告来说，是极不公平的。出示有力证据不仅没有为被告带来胜算，却成为被原告利用以期下次诉讼胜出的手段。这种情况下，举证时限和证据交换的立法宗旨完全没有实现。针对这种情况，有必要在规定举证时限和证据交换制度的同时，增设撤诉需被告同意的规定对原告的不当行为给予制衡。(3)在对待诉的变更的问题上，由于我国民事诉讼法对这一问题语焉不详，导致在发生狭义诉的变更(诉讼标的变更)和任意的诉讼变更(将不适格当事人更换为适格当事人)时，大都以撤诉终结程序(如不撤诉则驳回起诉)，由当事人重新提起变更后的诉，由于重新开始诉讼增加了诉讼耗费，形成非正当化撤诉。
