实践中常见的现象是，权利人在追究侵害人的刑事责任后，又以生效的刑事判决为依据提起民事诉讼。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第9条的规定，已为人民法院发生法律效力的裁判所确认的事实，当事人无需举证证明，但有相反证据足以推翻的除外。可见，在先判决只是暂时免除一方当事人提供证据的责任，只要对方有相反证据存在，法院就必须对相反证据及在先判决的证明力进行判断后再对事实作出认定，而不能一概以刑事判决认定的事实为准。人民法院在审理商业秘密侵权纠纷案件中，对于在先刑事判决的审查认定，应视不同的待证事实适用不同的证明标准：[4]
1．商业秘密权利存在的事实，应当适用民事诉讼证明标准，即“高度盖然性”标准。因为侵犯商业秘密罪侵害的对象是他人的商业秘密权，而商业秘密权是一种私权，该权利依私法产生，并依民事诉讼程序认定，其构成要件为：秘密性、价值性、实用性和保护措施。即使在刑事诉讼中，也不改变商业秘密的私权性质和认定标准。根据侵犯商业秘密民事纠纷案件审判规则的要求，民事法官首先要审查确定的事实是，权利人赖以起诉的技术信息或者经营信息是否符合商业秘密的构成要件。由于民事与刑事审判规则的差异，该事实却在刑事判决中被忽略了。因此，民事法官面临如此困境：是依据生效的刑事判决所确认被告人构成侵犯商业秘密罪的结论，直接推定权利人的主张成立，还是严格按照侵犯商业秘密民事纠纷案件作出独立的判断？笔者认为，民事诉讼中必须对商业秘密的构成及其权利范围进行分析认定，不能机械地移植刑事判决中已有的结果来推论出相关民事权利的必然存在和侵权事实的必然成立。[5]
2．对侵害行为和后果的认定，宜采用刑事诉讼的一般证明标准来认定。侵犯商业秘密刑事诉讼中，对侵害行为和后果的认定，不能适用在民事诉讼中“相似加接触”的推定方法。因为在“相似加接触”的情况下，虽然犯罪嫌疑人有很大的可能采取不正当手段获取商业秘密，但与刑事证明要求的“排除合理怀疑”仍有相当差距。
（二）救济途径冲突的处理
对商业秘密被侵犯以后所造成的经济损失，是应依法予以追缴、责令退赔，还是提起附带民事诉讼，抑或另行民事诉讼请求赔偿。[6]而是否可提起刑事附带民事诉讼，实务界对此意见不一。《刑诉法》第77条第1款规定，被害人由于被告人的犯罪行为而遭受物质损失的，在刑事诉讼过程中有权提起附带民事诉讼。按此规定理解，物质损失既包括犯罪行为直接造成被害人的物质损失，也包括间接造成被害人经济上的损失。[7]最高人民法院《关于刑事附带民事诉讼范围问题的规定》（下称《规定》）第1条规定，因人身权利受到犯罪侵犯而遭受物质损失或者财物被犯罪分子毁坏而遭受物质损失的，可提起附带民事诉讼。由于《刑诉法》仅规定“因被告人犯罪行为而遭受物质损失”，语意宽泛，在司法解释颁布之前，法院处理财产类犯罪案时，在对当事人判处刑罚同时，也有判令附带民事赔偿的。但司法解释将附带民事诉讼的范围仅限定在因人身权利及财物被毁坏而不包括财产类权利被侵犯的案件。由此，应当理解包括侵犯商业秘密权在内的知识产权犯罪案件不能提起附带民事诉讼，但司法实践中仍可见到认可提起附带民事诉讼的判例。笔者认为，对侵犯商业秘密构成犯罪所造成的经济损失，商业秘密权利人即使不能提起附带民事诉讼，仍可通过其他诉讼途径进行司法救济。《刑法》第64条规定是对犯罪物品的处理。即：犯罪分子违法所得的一切财物应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。前述《规定》第5条第2款还作了这样的规定，经过追缴或退赔，仍不能弥补损失的，被害人向人民法院民事审判庭另行提起民事诉讼的，人民法院可以受理。所以，作为侵犯商业秘密罪的受害人，在接受退赔、返还的财产后仍有经济损失的，可另行提起民事诉讼请求赔偿。
