与此同时，根据光绪三十二年的“官制改革谕”和《大理院编制法》，各地已开始试办地方审判厅。光绪三十三年二月初一，袁世凯在天津设立了我国第一个高等审判厅和地方审判厅，之后又在城乡设立四处乡谳局。据载，这些审判机构试办数月便“积牍一空，民间称便”。各级审判厅开办在即，而刑事、民事诉讼法的颁行似乎还有很长一段时间，[46]为适应各地开办审判厅的需要，法部于光绪三十三年十月二十九日奏进《各级审判厅试办章程》，并获清廷核准颁行。该章程共120条，分为“总纲”、“审判通则”、“诉讼”、“各级检察厅通则”、“附则”共五章。其中第一条开宗明义，对刑事案件与民事案件作了区别：“凡因诉讼而审定罪之有无者属刑事案件；??凡因诉讼而审定理之曲直者属民事案件。”然后对审级、管辖、回避、厅票、预审、公判、判决之执行、协助、起诉、上诉、证人鉴定人、管收、保释、讼费等制度作了规定。正如沈家本奏折所言，该章程“虽细则尚未有赅，而大端差已略举”，[47]一定程度上起到了过渡性质的简明诉讼法的作用。事实上，到清朝灭亡为止，这也是惟一一部正式公布的具诉讼法性质的法规。
《各级审判厅试办章程》颁布后，京师各级审判厅即告成立，而后奉天、吉林、黑龙江等地也陆续成立了审判厅。[48]新的审判机构分大理院、高等审判厅、地方审判厅和初级审判厅(原城谳局或乡谳局)四级，实行三审终审制，轻罪案件以初级审判厅为初审，重罪案件以地方审判厅为初审。其中北京的地方审判厅分民刑两科，每科两庭，每庭设推事6人。[49]按照清廷的规划，宣统二年(1910)全国各地一律设立审判厅。为规范各地审判厅建设，宣统元年(1909)七月到九月，法部又制定出《筹办外省省城商埠各级审判厅补订章程》8条、《拟定各省城商埠各级审判检察厅编制大纲》12条、《拟定各省城商埠各级审判厅筹办事宜》、《京师审判检察各厅员缺任用升补暂行章程》、《各级审判检察人员升补轮次片》等。这些法规涉及各级审判厅的机构设置、职责权限和人员配备等等各个方面，填补了《法院编制法》出台前的法律真空。[50]
早在光绪三十三年(1907)八月二日，沈家本就已将其主持起草的《法院编制法》140条上奏朝廷，该草案经清廷转呈宪政编查馆核议。[51]宣统元年十二月二十八日(1910年2月7日)，宪政编查馆奏上修订的《法院编制法》并获准颁行。修订的《法院编制法》分十章，分别为“审判衙门通则”、“初级审判厅”、“地方审判厅”、“高等审判厅”、“大理院”、“司法年度及分配事务”、“法庭之开关及秩序”、“审判衙门之用语”、“判断之评议及决议”、“庭丁”、“检察厅”、“推事及检察官之任用”、“书记官及翻译官”、“承发吏”、“法律上之辅助”、“司法行政之职务及监督权”，另有附则一条，共164条。按照该法，审判机构分为初级审判厅、地方审判厅、高等审判厅和大理院四级，实行四级三审制。初级审判厅由推事一人单独审判。地方审判厅审判一审案件，一般为推事一人单独审判，复杂案件经当事人请求或法院职权决定可由推事三人合议审判；审理二审案件，实行三人合议。高等审判厅一般实行三人合议制，上告(三审)案件可视情形实行五人合议制。大理院实行五人合议制。合议庭一般以庭长为审判长，庭长不在以资深推事为审判长。此外，该法还就各级审判厅的设立、组成、工作方式、法庭秩序以及各种司法行政事务作了规定。值得注意的是，该法专门规定了检察厅的设置。检察厅分初级、地方、高等检察厅和总检察厅，均设在同级审判厅中。检察厅在刑事案件中负责搜查处分、提起公诉、实行公诉并监督判决的执行；在民事及其他案件中，为诉讼当事人或公益代表人实行特定事宜。[52]
作为一部比较完整的司法组织法，《法院编制法》颁布具有重要的意义。首先它明确了审判权与司法行政权的界限，进一步确立了审判权的独立地位。清廷对上呈该法的奏折所作批谕清楚地表明了这一点“，所有司法之行政事务，着法部认真督理，审判事务着大理院以下审判各衙门，各按国家法律审理。前部院权限未清之处，即着遵照此次奏定各节，均实划分??嗣后各审判衙门，朝廷既予以独立执法之权，行政各官即不准违法干涉。”[53]从更长远的眼光来看，该法的颁布不仅使部院权限之争最终划上了一个句号，而且将近代中国学习西方、推行司法独立进入了一个新的阶段。其次，该法就审判厅设立及运作的各项事务设立了相对完备的规范，使得各地审判厅的建设有章可循。审判的独立首先需要审判机构的独立，而古代中国向来是地方官兼理司法的，因此，中国推行司法独立的第一步便是建立一套完整的审判机构体系。《法院编制法》就审判机构设立、管理及法官选任等问题作了规定，为这一体系的建立提供了制度上的保障。最后，该法引进了当时国外的一些先进的诉讼制度，推进了清末诉讼制度的改革。比如四级三审制、公开审判制度、合议审判制度、检察官公诉制度等，都随着该法的公布而正式地引进中国。尽管这种引进是初步的，但在短短的几年里，立法者能制订出这样先进的法律，对司法制度作如此重大的变革，确实已属不易。清朝灭亡后，该法经民国政府稍作修订后继续沿用；而根据该法创办的审判厅和检察厅，则为后来的历次司法制度改革提供了一定的物质基础。
