其次是职权主义乃至超职权主义的刑事诉讼向“混合型”刑事诉讼转型。我国长期实行的刑事诉讼制度，从其构造上讲，具有强调国家职权运用的职权主义特征，由于这种职权运用在许多方面超越了现代实行职权主义的欧洲大陆德、法等国在刑事诉讼法中界定的职权范围，如侦查权的缺乏制约，检察官在诉讼中的特殊法律地位等，因此，又被称为“超职权主义”。1996年刑事诉讼法的修改，在我国刑事诉讼的结构转型方面迈出了重要的一步。在我国近现代刑事诉讼历史上，首次采用了控辩方举证，法官听证并作出判定的类似对抗制的审判方式，并因此而改革了法院庭前审查程序等。庭审是诉讼的中心环节，“控辩式”庭审方式的引入，牵一发而动全身，将导致整个诉讼结构的转型，包括侦查结构的“双轨制”与弹劾化，检察官在实质上的当事人化等等。当然，我们不是也不可能建立一个具有异质文化基因的典型的当事人主义诉讼结构，而是将职权主义与当事人主义相揉合而形成一个“混合型”刑事诉讼。这种转型仍然只是开始发生，并走出了关键的一步，必须通过进一步的改革，建立一种比较成熟的“混合型”刑事诉讼结构，当然，这就必须修改刑事诉讼法。
这里还需要指出，中国刑事诉讼制度的转型，需要一定条件的支持，而条件的创造并非一蹴而就，因此这种转型需要时间，而其每一步的变革，不仅是一种进步，同时也往往是一种让步和妥协，但这种妥协带来的对某些不合理制度的容忍，到了一定时候就必须修正，这就是我国刑事诉讼法在经过一定时间以后需要修正的一个具体原因。例如，1996年刑事诉讼法修改，废除了收容审查，同时建立了对流窜作案、结伙作案、多次作案的犯罪嫌疑人可以拘留长达37天的制度（报捕前拘留30天，批捕7天），不经司法审查，没有司法令状，侦查机关自行决定拘留长达37天，而且上述三种人的判定较宽松，制度适用面很广。这种缺乏制约的人身强制措施容易侵犯公民权利，大大超过了各国侦查机关扣留嫌疑人时间的一般标准，对我国法律制度的国际影响不利。但当时建立这种拘留制度的背景是废除了随意性更大、侵权性更为突出的收容审查制度，为了使公安机关能够有一个适应过程，使其在资源不足的情况下有必要的办案手段，立法实际上作了妥协。但这种弊端突出的制度在适当时候必须通过修改刑事诉讼法予以改革。其他如起诉案件移送主要证据复印件的做法，乃至未确认无罪推定而是建立法院统一定罪的原则等等，都可以说是一种转型阶段的过渡性做法，需要随着条件的具备实践的发展而予以进一步改革调整。
