客观而言，阶级分析方法有其独到之处，但是当一种研究方法被无限地上升为意识形态的价值判断标准，并将其普遍化为全能的研究方法时，这种方法就丧失了其作为研究方法本应具有的工具性和手段性，甚至成为一种研究领域中的“霸权”话语。当研究者已经没有可以针对不同问题选择不同研究方法的可能时，其作为研究方法本身的价值也就微乎其微了。阶级分析方法在刑事诉讼法学研究中的状况就真实地说明了这一点，阶级分析方法的一元化统治其实就意味着刑事诉讼法学的研究没有真正的研究方法。
（二）个性化研究方法的初步探索：注释研究方法的普遍化
1979年我国第一部刑事诉讼法典制定之后，刑事诉讼法学的研究开始复苏和发展，并且意识到研究方法的重要性，提出了“研究刑事诉讼法学必须有科学的方法”[10]的观点。学者们在普遍坚持马克思主义的世界观和方法论指导的基础上，开始提出刑事诉讼法学应当结合学科特点进行研究，并逐步探索适合于刑事诉讼法学的研究方法。张子培教授主编的《刑事诉讼法教程》是我国较早论及刑事诉讼法学研究方法的教材。其认为：“作为一门科学，要从文字上和逻辑上对法律条文本身作出正确的解释。刑事诉讼法学应当以研究我国现行法律为重点，总结立法和司法工作经验，从理论上分析和解决实践中提出的问题，为司法实践服务，为政治服务。同时，为了更好地研究我国刑事诉讼的理论和实践，还应当对历史上的和外国的刑事诉讼法律制度的理论和实践进行比较研究，从正反两方面批判地加以借鉴。”[11]结合其他论述，当时学者们认为注释、历史、比较、理论联系实际等方法比较适合刑事诉讼法学的研究，并提出了借鉴其他自然科学和社会科学研究方法的主张。[12]这些观点的提出标志着学者们对刑事诉讼法学个性化研究方法的初步探索的开始。
研究方法理论探索的开端恰逢我国推行刑事诉讼法典的起步阶段，为配合刑事诉讼法的贯彻执行，保证逐渐恢复的高等法学教育的需要，学者们编写出版了大量的刑事诉讼法教材、专著和普及读物，从学理上对刑事诉讼法确立的原则、制度和程序进行了解释。这种初始的需要深刻地影响了刑事诉讼法学的研究方法，由此带来了注释刑事诉讼法学的长期盛行。[13]刑事诉讼的法律条文决定了刑事诉讼法学的研究内容、研究范式，甚至决定了研究的最后结果（往往是论证法律条文的正确性或者是正当性）。
注释主义的研究方法使人们了解了刑事诉讼法的同时，也模糊了学科和法律本身的界限。学者们在对此种研究方法有了客观、清醒的认识之后，提出了“刑事诉讼法学独立品格”的命题，[14]指出了“必须把立法释义与学理研究加以区分，从注释法学走向理论法学”[15]的刑事诉讼法学发展方向。
（三）研究方法多元化努力：比较研究方法的推广
比较研究方法是20世纪下半叶兴起的一种研究方法。它的优势在于拓展和借鉴。在九十年代中期以后的法学教材中，已经普遍地将比较方法列为刑事诉讼法学的研究方法。我国的刑事诉讼法学研究中大规模、普遍地应用比较方法是在1996年刑事诉讼法修改的前后。笔者对刊载于《法学研究》和《中国法学》上的有关刑事诉讼法学方面的论文所使用的研究方法进行了调查，结果显示1994年发表的文章中有20％使用了比较方法，1995年使用比例增加到50％，在随后的年份中，除了1997年使用该方法的比例比较低外，[16]直到2005年的其他年份中，使用比较方法的比例基本上保持在40％以上，2001年甚至达到了77％。[17]由此可见，比较研究方法在我国刑事诉讼法学研究中推广的速度之快、普及程度之深。
