日本、欧共体各国以及发展中国家所实施的工业补贴让美国日益感到对贸易扭曲性补贴进行限制的必要性。因此，对贸易扭曲性补贴进行限制补贴成为东京回合谈判所关注的议题。但对于大多数缔约方来说，除了出口补贴之外的国内补贴多是国内福利或发展政策的体现，对国内补贴进行国际层面的规范是对国内事务的干涉。这些缔约方认为，东京回合谈判应该实现对美国反补贴行为的限制，美国在反补贴调查中应该进行损害调查。美国则认为，约束补贴行为应和约束反补贴行为同时进行。
最后，东京回合《补贴与反补贴守则》采取了“双轨制”：单边制和多边制。根据单边制，缔约方可以单方面采取反补贴行动，但其行动要符合守则所规定的要件和程序，包括损害要件在内。至于何种补贴是“可以采取行动的补贴”，守则并没有给出定义。双轨制中的多边制为解决补贴问题提供了多边路径，主要目的在于减少具有贸易扭曲作用的补贴，即出口补贴。 由于东京回合补贴与反补贴守则并不要求所有缔约方接受，事实上仅有OECD国家和少数新兴发展中国家接受，因此该守则的作用有限。
东京回合谈判在“好补贴”和“坏补贴”的区分问题上的努力基本上是无力的。当时的GATT总干事（who？）在报告中强调了贸易扭曲性补贴的问题，但同时也意识到区分合理的政策性补贴与贸易保护性补贴的困难。美国曾于1975年提议采取“交通灯”的方式将补贴分为红灯（禁止性）补贴、黄灯（有条件）补贴和绿灯（允许的）补贴三类，但这一提案没有得到东京回合《补贴与反补贴守则》的采纳。 最后的守则在第1条第1段列举了补贴可以实现的诸多政策目标，但在区分“好补贴”和“坏补贴”问题上仍然是无所作为。
在半个世纪的多边贸易谈判中，美国作为多边贸易体制的领航者在推动自由贸易的同时，也在推行公平贸易这种概念。拿补贴来说，有些补贴被认为减损了关税减让的成果，我不补，你补，这就是不公平贸易。乌拉圭回合谈判中的克林顿政府将公平贸易解释为，在美国保持市场开放性的同时，按照对等原则，其贸易伙伴也要向美国开放市场，并主张采取一切可能的政策措施打开“关闭的”外国市场，让更多地美国产品无歧视地进入这些市场。克林顿政府还提出“平整运动场”口号（level the playground），在外国产品的进入美国市场过程中对外国政府的出口补贴和导致不公平竞争的产业政策实施报复。在美国的坚持下，限制补贴又成为乌拉圭回合谈判关注的焦点。
“贸易是否公平”的价值判断是以美国国内贸易立法和价值标准而定的，在这个问题上，欧洲、日本以及发展中国家有不同意见。日本工业的迅速崛起很大程度上依靠日本政府长期实行产业扶持政策，欧洲工业的快速成长也离不开政府长期实行补贴政策。最后，SCM协议中各方的妥协体现为对补贴行为和反补贴行为同时加以限制，在补贴的判断中加入专向性要件并引入绿灯补贴，而在反补贴行动中加入了损害要件的考查以及各种程序性要求。
